Club Atlético Bucaramanga5​ es un club de fútbol en Colombia ubicado en Bucaramanga, capital del departamento de Santander, que participa en el campeonato de la Categoría Primera A, máxima categoría de la División Mayor del Fútbol Colombiano. Fundado oficialmente el 11 de mayo de 1949,5​7​ bajo dirigencia de Rafael Chaberman comerciante barranquillero, quien junto a varios ciudadanos de la época en su mayoría pertenecientes a la Liga Santandereana de Fútbol, tomó la iniciativa de crear un club que representara a los santandereanos. En 1948 aún sin oficializarse como club de fútbol tuvo un año de activa participación de manera “amateur” en el ámbito local.8​

Su máximo logro futbolístico: dos títulos de la Primera B en 1995 y 2015. Al llegar del descenso logró el título del Torneo Adecuación 1996-97 ante Deportes Quindío, sin que este sea reconocido oficialmente como título colombiano. En la serie definitiva el club perdió con el América de Cali y al resultar subcampeón, el club bumangués clasificó a la Copa Libertadores de América en fase de Grupos de 1998.

Su clásico rival es Cúcuta Deportivo jugando así el Clásico del Oriente Colombiano.

Desde su descenso en la segunda temporada del año 2008, el Atlético Bucaramanga disputó la Categoría Primera B, segunda división del fútbol profesional colombiano. Para la temporada 2016, regresó a la Primera División del fútbol colombiano tras 7 años de ausencia.

En diciembre de 2016 se funda el equipo profesional de mujeres, Atlético Bucaramanga Femenino para disputar las competiciones de la Liga Femenina.

Historia
Fundación e inicios
En 1949 en la Liga Santandereana de Fútbol se pensó en conformar un seleccionado local de fútbol bumangués para programar una serie de encuentros gratuitos contra equipos de otras regiones vecinas como Barrancabermeja, El Socorro, San Gil, Piedecuesta, Pamplona, Ocaña y Cúcuta, cuya base fuera “El Pielroja”, ganador del campeonato local. Los directivos de ese club invitaron a Rafael Chaberman a asesorarlos en el proceso de formación del equipo profesional. Chaberman, quien hacía poco estaba radicado en la ciudad, fue ubicado en el Café Centenario y procedió a darles una conferencia en el Hotel New York sobre el tema, lo que conduciría al año siguiente a la fundación del club.

La primera reunión para la fundación del equipo fue convocada a través de prensa y radio local y se llevó a cabo en el consultorio del Dr. Elías Solano, pues a la Liga Santandereana de Fútbol como entidad netamente amateur, le estaba restringido por sus estatutos patrocinar o fomentar en forma oficial el fútbol profesional. En esta Asamblea se eligió una Junta Directiva Promotora con el siguiente resultado: Presidente: Dr. Elías Solano y Directores Principales los Sres. Rafael Chaberman, Vicente Díaz, Miguel González, Juan B. Silva (Tesorero) Manuel José Puyana, Eduardo Villa, Jorge Reyes Puyana, José Vicente Niño Gustavo Mantilla, Rafael Pérez, Elías Solano, Enrique Orduz y Luis Fernando Sanmiguel.

La primera reunión accionaria se realizó el 25 de febrero de 1949 con un aporte de $30.000 que fueron convertidos en acciones.

El 11 de mayo de 1949 con Néstor Arenas como gerente, Juan Silva, tesorero; Alfonso Navas, Juan José Puyana, José Vicente Niño, Rafael Chaberman, Vicente Díaz, Calixto Díaz, Elías Solano, José Manuel Serrano, Mario Silva Valderrama, Gustavo Liévano y Guillermo Montoya como principales accionistas y con un capital de $30.000 se inscribió la escritura pública No 1132 constituyéndose la sociedad Club Atlético Bucaramanga S.A en la notaría 1.ª de Bucaramanga, siendo notario el Doctor Jorge Arenas Buenahora.10​

La lista completa de socios fundadores es la siguiente: Néstor Arenas, Gil Rey Osorio, Juan B Silva, José Vicente Niño, Rafael Becerra, Alfonso Navas, Alfredo Varela, Abelardo Cardona, Vicente Díaz, Calixto Díaz, Rafael Chaberman, Luis González, Alfonso Villa, Jorge Reyes Puyana, Simón Santander, Gustavo Puyana, Manual José Puyana, Luis Emilio Arenas, Ramón Zarate, Arnulfo Pérez, Holguer Clausen, José Gómez, Eduardo Quintero, Gustavo Liévano, Ángel Vargas, Julio Gutiérrez, Guillermo Uribe, Armando Puyana, Manuel Peña, Alfonso Duque, Guillermo Melo, Alirio Ramírez, José Hernández, Luis Carlos González, Alberto Liévano, Darío Escobar, Luis Miguel Parra, Luis Sánchez, Nepomuceno Cartagena, Víctor Paillie, Enrique Paillie, Ciro Ríos Nieto, Enrique Orduz, Octavio Pacheco, Jorge Enrique Cote, Luis Cruz, Elías Solano, Francisco Bueno, Galo Lafaurie, Herman Alarcón, Mario Lozano, Gonzalo Trillos, Mario Silva, Guillermo Hernández, Luis Ospina, Juan Pabón, Domingo Trillos, Eugenio Santos, Carlos A. Vélez, Gerardo Silva, Carlos Wills, Cecilia Nassar, Rafael Pérez, José Manuel Serrano, Gustavo Serrano, Saúl Díaz, Bernardo Pinzón, Hernando Suárez Mantilla.[cita requerida]

A partir de ese momento se empezó la conformación del equipo, situación en la que fue determinante el aporte que hicieron dirigentes locales como Vicente Díaz Romero, presidente del Club Gran Colombia, Luis Alba Pinilla (Club Once Amigos), Antonio “Terremoto” Duran (Club Girardot), Jorge Barba Molina (Libertad Concordia) y don Simón Santander (Pielroja).

La Dimayor aceptó la inscripción provisional, pendiente de ratificación en el Consejo en pleno del organismo, dependiendo del cumplimiento de los requerimientos administrativos y del resultado de un partido de fogueo que se programó en el Estadio Alfonso López contra el Once Deportivo de Manizales; encuentro que ganó el Atlético Bucaramanga. Finalmente la Dimayor comunicó la aprobación de la solicitud de afiliación en forma definitiva asegurando la participación en el Torneo de 1949.11​

El prima búcara fue: pantaloneta blanca, medias grises y camiseta amarilla.

Al principio se vincularon jugadores de Bucaramanga y Barrancabermeja, a los cuales se unieron otros traídos de Barranquilla.

Los jugadores bumangueses y barranqueños convocados para integrar el primer representativo profesional tenían un historial brillante en el fútbol amateur y algunos habían competido en Olimpiadas nacionales, integrando la Selección regional. Entre ellos estaban los “Pachingo” Guerrero, que eran tres y todos jugaron para el Atlético: Francisco, un formidable centro medio, actuó en el torneo del 50. Sus hermanos, Juan por la punta izquierda y Jorge, cerebral interior derecho, tuvieron una larga y fructífera carrera en el equipo.

Del Girardot, llegaron Carlos “Flaco” Mutis y Andrés Ramírez, veloz, escurridizo y letal centro delantero goleador.

Pedro Pinto (arquero), “Chino” Luis (puntero derecho), Luis “Pintao” Pinto y Samuel Otero (centros medios) y Francisco “Pacho” Bohórquez (centro delantero). Francisco “Chico” Bustamante, efectivo y elegante defensa central, Arturo “Chancharito” Cárdenas, medio derecho, muy técnico y gran recuperador del balón en la mitad del campo.

Alfonso “Chori” Salcedo, interior derecho, habilidoso gambeteador y talentoso pasador del balón, Arturo “Palomo” Palomino, puntero derecho, de pique veloz y centros oportunos al área. También, el puntero izquierdo, Manuel “Mono” López Santodomingo, muy hábil y técnico y Marco Vinicio Gómez, puntero veloz y goleador.

En esa primera plantilla también estaban el portero Alfonso “Chichimoco” Carvajal; Lucas Martínez, “Jesucristo” Prada y el “Perro” Castillo, defensores; “El Loco” Ruiz, Noel Martínez, “Alambre” Carvajal, “Guarapo” Mendoza, Manuel López, “El Chino” Luis Becerra y Evelio Sierra, todos ellos dirigidos por el desaparecido Francisco “Pacho” Carvajal, exjugador de Millonarios y quien ya había dirigido a la selección santandereana en los V Juegos Deportivos Nacionales12​

El equipo formó así para su primer partido, el 1 de mayo de 1949 frente al Deportivo Cali, el resultado fue negativo 1-5. Los goles del Deportivo Cali llegaron por intermedio de Liborio Guzmán 8″, Luis Salazar 24″, Alcibíades Paz 45″, Emiro Olave 76″, Luis Salazar 80″ y descontó Alfonso Salcedo en el minuto 87″. Ese sería el primer gol del Atlético Bucaramanga en el Profesionalismo colombiano.

Director Técnico Bucaramanga

Carvajal Francisco
Alineación Bucaramanga

ARQ Arbeláez Humberto
DEF Martínez Lucas
DEF Otero Samuel
VOL Cárdenas Arturo
VOL Martínez Noel
VOL Castillo Juan Francisco
DEL Salcedo Alfonso 87″
DEL Rodríguez Carlos
DEL Gómez Marcos Benicio 45″
DEL López Manuel
DEL Palomino Arturo 80″
Cambios

[DEF] De La Cruz Guerrero Jorge 45″
[VOL] Carvajal Roberto Alfonso 80″
La primera victoria en la historia del equipo, fue en el Estadio Alfonso López contra el desaparecido Boca Juniors de Cali el 19 de junio de 1949 por 2-1.13​

Los primeros cuatro jugadores argentinos fueron conocidos como Los cuatro mosqueteros. Antonio “toto” Bernasconi (medio), Norberto Juan Peluffo (centro medio) y Aristóbulo Deambrosi (puntero derecho) y José Cayetano Fraccione portero apodado como “El Pez Volador”, dada su gran habilidad para volar de palo a palo, marcaron una época y abrieron el camino para que una larga lista de nombres de las más variadas nacionalidades se inscribieron en el historial del cuadro búcaro.

Tras ellos llegó una expedición gaucha conformada por Felipe “Judío” Stemberg, Raúl Roque “El Colorado” Dimarco, Carlos Alberto Gambina, Miguel Ángel Zazzini, Nicolás Gianastasio, Enrique Pesarini, Julio Cesar Asciolo y Aristóbulo De Ambrosi, quien hizo las veces de técnico. Complementaron el plantel los peruanos Enrique Augurto y José Cardoza y el costarricense Carlos Alberto Umaña. Poco después llegaría su compatriota José Joaquín “El Quincho” Quiroz, considerado uno de los mejores delanteros de la época y quizás de la historia “leoparda”, todo un verdadero acróbata del gol; ejecutor de espectaculares goles de chilena de inolvidable recordación para los aficionados de mitad de siglo.

Década 1950 – 1960
El 4 de marzo de 1950 en el partido Boca Juniors 1 – Bucaramanga 3, José Cayetano Frascione se convierte en el primer arquero del profesionalismo en detener dos penales a los delanteros Alejandrino Genes y Juan B. Villalba de Boca Juniors.14​

El 18 de junio de 195015​ ocurrió el primer resultado memorable en la historia del equipo, pues el Atlético goleó al Deportivo Cali en su propia cancha del Estadio Pascual Guerrero por marcador de 5-1. Ese día el Atlético formó con Fracsione, Bustamante y Cardoza; Bernasconi, Peluffo y Cárdenas; Guerrero, Dimarco, García, Terranova y Palomino. Aunque Cali empezó ganando, a los 18 minutos Terranova empató el partido después de una gran combinación que puso a las tribunas en pie y el Leopardo se adueñó del campo hasta finalizar el primer tiempo con empate en el marcador. En el segundo tiempo el Atlético dominó a su antojo marcando cuatro goles por intermedio de Palomino que anotó dos, uno Terranova y otro Dimarco.,16​17​

En el año de 195118​ el equipo figuró en los primeros lugares de la tabla de posiciones durante la primera vuelta del torneo profesional y realizó su primera gira internacional en la isla de Curazao. Desde los inicios del campeonato hubo simpatía de la afición por el equipo y era habitual la asistencia de público al estadio Alfonso López. Pronto se hizo popular el estribillo compuesto por el estudiante santanderino, natural de Barrancabermeja, Elmer Pinilla Galvis y que con aire de porro atronaba los aires desde la cornetas instaladas en el Alfonso López los días de partido: “Grandes partidos tenemos los domingos con Bernasconi, Peluffo y Juan Pachingo. Ningún avance se queda en el camino cuando combinan Dimarco y Palomino. Bucaramanga tu hinchada contigo está contenta”.

Sin embargo, el escaso aforo del Alfonso López junto con los altos costos de funcionamiento, contribuyeron a disminuir la rentabilidad en el manejo administrativo del Atlético. El costo ínfimo de las entradas, sol a 2 pesos y sombra, que en ese entonces era una tribuna de madera y tenía una capacidad para albergar solo a cuatrocientas personas, a 4 pesos hacía que las taquillas más fructíferas no pasaran de 2500 pesos. Cuando el equipo jugaba de visitante recibía 1500 pesos, por lo que con estas exiguas entradas y a pesar de las ayudas de la Alcaldía Municipal que con la sana intención de ayudar condonaba impuestos, la tesorería del club se veía en aprietos para cancelar sueldos, pagar premios, participaciones a la Dimayor, pasajes y otros gastos menores.

En 195219​ se presentó una grave crisis económica en la cual el club tuvo que reestructurar la Junta Directiva y por pocos meses se cambió el nombre a Deportivo Bucaramanga. Para solucionar la crisis a los directivos se les ocurrió rifar un carro inglés marca Vanguardia, el cual tenía un valor comercial de $5.000. A pesar de que la boleta tenía el cómodo precio de 3 pesos cada una, la gran mayoría no se vendió y precisamente la premiada fue adquirida por una aficionado de la ciudad de San Gil, de apellido Santoyo.

El desastroso equipo de 1953
Las dificultades económicas profundizadas por la fracasada rifa de 1952 derivó en la catástrofe de 1953, año en que el equipo dirigido por Norberto Peluffo fue ultimó y disputó sólo la primera vuelta y el primer partido de la segunda, retirándose del torneo dejando un récord nada envidiable pues se perdieron todos los partidos jugados este año, unos en la cancha y el resto por abandono del campeonato por marcador de 1-0 en contra. El balance incluyó además 11 goles a favor y 45 en contra. Antes de retirarse había completado 27 fechas sin ganar, 15 en 1952, 12 jugados en 1953 y 10 perdidos por reglamento, para un total de 37 partidos.20​

Regresa a la Primera División en 1956 y termina décimo, pero hace una destacada participación en la Copa Colombia 1956-57 en la que, tras empatar en puntos con el Deportivo Independiente Medellín en el liderato del hexagonal o Vuelta Final, se habría de hacer un desempate entre los dos equipos por la disputa del título; sin embargo, ni la DIMAYOR, ni ninguno de los dos equipos, ni nadie concertó la organización de esa Final a partido único, por lo que la competencia terminó abandonada. Este es, hasta la fecha, el momento en el que el conjunto leopardo estuvo más cerca que nunca de conseguir un título oficial en el fútbol colombiano.

En 1957 es noveno pero se va organizando un gran equipo para la siguiente temporada. El técnico era Norberto Peluffo y dispuso de los siguientes jugadores; Herman “Cuca” Aceros, Emilio “Milo” Alzate, Enrique Augusto, Ezequiel Ávila, Eugenio Casalli, Vicente Diniro, Eusebio Escobar, Agustín Esteban, Omar Vicente Gamboni, Héctor Girón, Jaime Hernández, Roberto Pablo Janiot, Felipe Marino, José Américo Montanini, Ferney Salazar, Oscar Sapia, Alejandro Sinisterra, Álvaro “Pipa” Solarte, Víctor Suárez, Miguel Ángel Zazzini. Perdió toda posibilidad de título al caer con Deportivo Manizales por 6-4, terminó tercero.

En 1958, el cuadro búcaro realizó una gran campaña, terminando tercero con 44 puntos, detrás de Santa Fe y Millonarios. En ese torneo José Américo Montanini, máximo artillero leopardo en toda la historia del club, anotó 5 goles en un partido. Fue la tarde del 21 de diciembre de 1958 cuando el Bucaramanga venció al Tolima por 6-2. José Américo Montanini fue el goleador del campeonato de 1958 con 36 anotaciones.

En esta década se recuerdan jugadores de buenas condiciones como Norberto Juan Peluffo, Aristóbulo Deambrosi, Antonio Bernasconi, José Cayetano Fracsione, José Joaquín “El Quincho” Quiroz, Felipe Stemberg, Raúl Roque Dimarco, Enrique Augurto, Miguel Ángel Zazzini, Nicolás Giannastasio, Carlos Alberto Gambina, Enrique Pessarini, Vicente Diniro, Eugenio Casalli, Oscar Horacio Sapia, José Americo Montanini, Roberto Pablo Janiot, José Luis Lanza, Felipe Marino, Omar Ives Ayala, Roberto Marini y Roque Mercury entre otros.

Aquel 60
En 1960 cumplió el cuadro “Leopardo” una de las mejores campañas de historia.21​22​ El 26 de mayo en el clásico del oriente colombiano el Bucaramanga venció en el Estadio General Santander al Cúcuta Deportivo por 1-5. El 24 de julio en partido celebrado en la “Ciudad de los parques” nuevamente el Bucaramanga goleó al Cúcuta por 6-0.

El juego más enigmático y polémico de la historia del equipo ha sido aquel de finales de la temporada de 1960.23​ Restaban tres encuentros para culminar el torneo y el atlético se encontraba a un solo punto de su contendor Santa Fe, por lo que se generó gran exceptiva por el choque entre Cardenales y Búcaros. Una caravana de buses partió desde el día anterior al encuentro pues en aquella época los autobuses gastaban 16 horas de viaje desde Bucaramanga hasta Bogotá. Muchos aficionados entusiastas daban por descontada la victoria del Atlético pero al final el 6 de noviembre de 1960 ocurrió la decepcionante derrota frente a Santafé por 5 a 1 y el equipo quedó relegado al tercer lugar.

Varias conjeturas se han tejido sobre lo que pasó ese día, incluso por parte de los mismos protagonistas; como por ejemplo la de que el equipo se vio afectado por el viaje con cuatro días de anticipación al juego, factor que no fue suficiente para adaptarse a la altura capitalina. No obstante, la explicación que parece tener más validez, según los propios jugadores, es la falta de una estricta disciplina por parte del técnico Juan “El Andarín” Barbieri. Todos daban cuenta de la gran afición de este por el juego de cartas, práctica que según versiones acompañó al plantel durante las frías noches y madrugadas capitalinas; incluso para completar, cuentan que Barbieri se presentó al Campin sólo diez minutos antes de empezar el partido, ya que se encontraba en el hipódromo apostando a las carreras y al parecer sobre la hora apostó en contra del Bucaramanga y que la alineación fue improvisada por los propios jugadores.

Eugenio Casali en entrevista para el periódico El Tiempo resumió la situación de la siguiente manera “La verdad es que Santa Fe jugó muy bien y nosotros, por el contrario, lo hicimos no muy mal, sino pésimamente. Somos los primeros sorprendidos e inconformes, pues el equipo estuvo muy por debajo de su rendimiento habitual”. El director técnico del Atlético Juan “El Andarín” Barbieri no pudo ser ubicado por los periodistas del citado periódico para ser entrevistado pese a que lo llamaron en forma insistente al Hotel Regis como quedó registrado en la crónica de la época.24​

Dos días después una manifestación de hinchas enardecidos, cegados por el alcohol e incitados por la prensa deportiva de la época, se reunió en el sitio conocido como el “mesón de los Búcaros” y marchó hacia el Hotel Bucarica, lugar donde se alojaba Barbieri para lincharlo. El “Andarín” se salvó porque el equipo pernoctó en San Gil por desperfectos del bus en el que se transportaba. Al día siguiente, regresó a la ciudad para retirar del hotel una maleta negra de su propiedad y partir con rumbo desconocido. Muchos años después se supo de su fallecimiento en Centroamérica en un tiroteo relacionado con el narcotráfico.25​

El equipo de 1960, considerado el mejor de la historia, alineaba así: Berto; Scrimaglia y Marini; Casalli, Roberto Pablo Janiot y Solórzano; Marcos Coll, José Américo Montanini, Giarrizo, Otero y Germán “Cuca” Aceros. Cuca Aceros surgió en el barrio Modelo, se consolidó en la temporada del 60 y aún es considerado el mejor jugador santandereano de todos los tiempos.26​

Década 1960 – 1970
El mejor puesto durante la década fue el sexto lugar alcanzado en 1961,27​ pues terminó séptimo en 1962,28​ décimo en 1963,29​ último en 1964,30​ noveno en 1965,31​ undécimo en 1966,32​ décimo segundo en 1967,33​ noveno en 196834​ y décimo en 1969.35​ Fue una década de media tabla hacia abajo sin grandes logros. Aunque siempre tuvo buenos jugadores no pudo conformar un equipo competitivo y sólido. En 1965 logró seis victorias en línea (Deportivo Cali, Independiente Santa Fe, Deportivo Independiente Medellín, Deportes Tolima, Deportes Quindío y Cúcuta Deportivo) pero al final terminó noveno del campeonato.

En 196636​ se vinculó Crescencio Rojas un volante paraguayo procedente de Sport juventud de buen rendimiento. Al año siguiente llegó otro paraguayo, Reynaldo González quien había jugado en su país, Ecuador, Bolivia y Perú. González era un jugador de físico privilegiado, potente, de buen cabezazo y goleador. Así lo demuestran los 26 goles en 55 partidos que anotó con el “leopardo”.37​

El penal que nunca se cobró
El 22 de mayo del campeonato de 1966 en un partido Santa Fe vs Bucaramanga, el juez Edgar Barona pitó un penal a favor de Santa Fe luego de que la pelota hubiera pasado la raya final al ser desviada por el jugador del Bucaramanga Jorge Lastra. Unos decían que hubo mano y otros que no. Lastra manifestó que el balón le había golpeado en el cuello y no en la mano. A pesar de que el juez de línea determinará inicialmente tiro de esquina, Barona se mantuvo en esa última decisión, la cual no fue aceptada por los jugadores del Bucaramanga. Por orden del técnico Soto Vergara todos los leopardos se hicieron dentro del arco defendido por Riquelme imposibilitando el cobro. Vinieron las discusiones y exactamente a los quince minutos, el árbitro pitó, indicando que finalizaba el partido. Surgieron de inmediato los protestas de los jugadores de Santa Fe, al sentirse perjudicados con el resultado y se reanudaron los parlamentos acalorados, con participación no solo de jugadores, sino igualmente de entrenadores y dirigentes de ambos clubes. La policía fue llamada por Barona cuando el problema estaba avanzado. Pero no le dio instrucción alguna en respaldo de cualquier decisión suya. El público permaneció en sus puestos exigiendo a gritos la continuación del espectáculo, del cual solo iban 50 de los 90 minutos. En varias oportunidades el árbitro Barona quiso abandonar la cancha, pero el público no se lo perrmttió. Al final, Barona dio por terminado el partido y salió silbado dentro de una radiopatrulla, cuando va la noche evitaba ‘cualquier reanudación del juego. La Dimayor dispuso dar como ganador al Santa Fe por marcador de 1-0.,38​39​

En esta época, se destacaron entre otros Omar Lorenzo Devanni, Ricardo Campana, Abraham González, Bibiano Zapirain, Misael “Papo” Flórez, Horacio Di Loreto, José Giampietro, Leónidas Hurtado, Hugo Alejandro Scrimaglia, José Carrillo, Álvaro “Champión” Suárez, Ernesto Berto, Perfecto Rodríguez, Lácides Otero, José Giarrizo, Eustaquio Claros, Guillermo Arredondo, José Américo Castromán, Juan Andrés Tejera, José Vigo, Cleto Castillo, Juan Carlos Sierra, José Salas, Luis Antonio Garma, Víctor Homero Guaglianone, José Galeano, Adolfo Riquelme, Walter Sossa y Reynaldo González junto a importantes jugadores de la región como Carlos “carloman” Ávila, Germán “remache” Garcés, Jorge Lastra, Pedro “paquete” Riveras, Gilberto “burro” Centeno e Ignacio “centavo” Pacheco, Senén Porras, el arquero Ramiro Joya, Álvaro “Champion” Suárez, Alfonso “zaeta” Maldonado, Arturo “bucarica Carrero”, Robinson Puentes y Telmo Almendrales.

Como hecho notable de la década, cabe resaltar al quinteto defensivo que ganó el título de la valla menos vencida.

Década 1970 – 1980
La desaparición
En 197040​ terminó décimo y era tan difícil tal situación económica que fue necesario crear un equipo filial en Cartagena para no perder la ficha al Real Cartagena en 1971,41​ equipo al que fueron a jugar la mayoría de los jugadores del Atlético, y al cual se le prestaron los colores auriverde.

En 1972,42​ tras jugar los primeros meses del torneo en Cartagena, pero nuevamente con el nombre de Atlético Bucaramanga, retornó al Estadio Alfonso López ocupando el penúltimo puesto.

En 1973,43​ llegó a la junta directiva Gustavo Adolfo Torres Angel, quien ayudó en el proceso de recuperación económica del club, pues la situación había llegado a ser tan crítica que fue necesario contar con ayuda de la Cruz Roja solicitando donaciones para mantener la existencia del equipo.

El 18 de junio de 1973 en un partido en el que atajó Roberto Riquelme, ocurrió la derrota 1-8 ante Cúcuta Deportivo.44​ Ese año además quedó eliminado de las finales ocupando el puesto 11.

Enfrentando a Eusebio y a Maradona
Los malos resultados continuaron y en 197445​ terminó en el puesto 10 pero al final fue un buen año pues se pudo realizar una gira por Venezuela jugando un cuadrangular en Caracas contra el Sporting Cristal de Perú, Caracas F.C y el Beira Mar de Portugal, equipo en el que jugaba Eusebio, la pantera negra de Mozambique y además se jugó en Valera contra Estudiantes de Mérida y se colaboró en el proceso de fundación del Deportivo Táchira facilitando al director técnico Roberto Riquelme, el preparador físico Antonio Mejía y cuatro jugadores más. Ese año también se realizó una gira por Costa Rica y Panamá.

En 1975,46​ luego de la venta de Adolfo Riquelme a Millonarios se pudo conformar un formidable equipo y el Atlético reverdeció viejos laureles clasificando al hexagonal final y ganando el Grupo A del torneo finalización. Al final terminó cuarto tras Independiente Santa Fe, Millonarios y Deportivo Cali luego de ganar solo dos partidos.

En 197647​ nuevamente quedó eliminado de las finales terminando en el octavo lugar.

En 197748​ el argentino Ricardo Pegnotti llevó nuevamente al equipo a la fase definitiva, pero que el equipo, aunque integrado por una nómina brillante tuvo una participación irregular en el hexagonal terminando último tras ganar solo dos partidos. El rendimiento del equipo permitió que el público asistiera masivamente al estadio. El técnico era el uruguayo Víctor Pignanelly, exjugador del Cúcuta Deportivo y de la América de Cali, quien condujo al equipo a la primera serie final. En esa nómina brilló el santandereano, Misael “Papo” Flórez. Se recuerda ese año la racha de 10 empates en línea entre el 1 de mayo y el 12 de junio y que a la fecha se mantiene como récord del campeonato..49​

En se jugó en el Estadio Alfonso López un partido amistoso entre Asociación Atlética Argentinos Juniors y el Atlético Bucaramanga que terminó empatado a un gol. Los goles fueron conseguidos por Diego Armando Maradona quien adelantó a la visita en el marcador y posteriormente empató por el “Leopardo” Jorge Ariza.

En 1978,50​ 197951​ y 198052​ no clasificó a las finales, ocupando los puestos 10, 11 y 14 respectivamente.

En esta década se recuerdan jugadores de buenas condiciones como Julio César Berrueta, Atanasio Centurión, Enrique Fernández, Julián Martínez, Juan B. Quintero, Carlos Miguel Dizz, Wilson Barata “Pipico”, Marcial Campuzano, Carlos Samboní, Jorge Ramón Cáceres, Félix Martínez, Artemio Villanueva, Roberto Alirio Frascuelli, Alfredo Arango, Eduardo Gillio Carrasco, Gabriel Hernández, Alfonso Cañón, Eduardo Emilio Vilarete Fernández, Fernando “Bombillo” Castro, Carlos Ávila, Osmar Abel Miguelucci, Ángel Manuel Silva, Agustín Balbuena, Dante Mírcoli, Miguel Augusto Prince, Héctor Mario Lamberti, Omar Valentín Bargas, Rafael Agudelo, Roberto Di Plácido, Jorge Ramírez, Humberto Mendoza, Alejandro Juan Onnis, Álvaro Santamaría, Néstor Sanjuán, Eusebio Vera Lima, Farid Perchi, Pedro Ardila, Carlos Gaviria, Gilberto Centeno, Plutarco Bolaños, Venancio Zelaya, Nelson Riveros, Jorge Enrique Triana.

Década 1980 – 1990
En 1981, Reynaldo Rueda Castañeda y un grupo de amigos provenientes de empresas transportadoras de la región se ocuparon de la tarea de salvar el equipo pero la intención no salió como se esperaba. La idea de fusionar la escuela futbolística de los brasileños con jugadores nacionales, tales como: Francisco “Pacho” Maturana, Diego Edison Umaña, Ramiro Viáfara y los argentinos Rubén Horacio Carra, Jorge Néstor Kaliszúk no dio los frutos deseados. Un directivo, Carlos Reina, viajó a Río de Janeiro y a su regreso, trajo consigo al entrenador: Carlos Gainete y a los jugadores: Roberto Lettiere, Francisco Carlos Jardim y Romairo Silveira Lima de infausto recuerdo para la hinchada.

La tragedia del 11 de octubre de 1981
El 11 de octubre de 1981 ocurrió en el Estadio Alfonso López durante el partido contra Atlético Junior, un trágico acontecimiento: La policía y el ejército contuvieron a balazos el desbordamiento del público. Hay muchas versiones sobre el hecho detonante, causante de este triste episodio. Algunos culpan a las erradas decisiones del árbitro Eduardo Peña Bernal, otros a las excesivas provocaciones de algunos medios y otros a la actitud de fanáticos enceguecidos por el exceso de licor en la tribunas y al sobrecupo del Estadio Alfonso López esa tarde. Sin embargo aún son muchos quienes atribuyen el hecho a la brutalidad de la fuerza pública. El resultado de aquella trágica tarde dominical fueron 4 muertos y 29 heridos.53​ Ese día, el Atlético que fue dirigido por Roberto Pablo Janiot perdió 1-2 y quedó eliminado de las finales formó con Roberto Vasco, Gilberto “Comanche” Salgado, Francisco Maturana, Wilman Conde, Fernando “Bombillo” Castro, Juan Alejandro Onnis, Roberto Frascuelli, Diego Edison Umaña, Juan Carlos Díaz, Edgardo Luis Paruzzo y Sergio Saturno.54​

En 1982,55​ llegaron procedentes del Club Atlético Banfield de Argentina, Juan Carlos Díaz y Miguel Oswaldo González, argentinos recordados por su extraordinario rendimiento con la camiseta del “leopardo” y quienes estuvieron varias temporadas con la institución. Ese mismo año, González fue el goleador del campeonato.

Un partido amistoso poco amistoso
El 2 de marzo de 1983 se jugó en el Estadio Alfonso López un partido amistoso entre el Atlético Bucaramanga y San Lorenzo de Almagro que culminó con resultado de 2-2. El primer tiempo había concluido empatado sin goles y todas las emociones de esa noche, ocurrieron en el segundo tiempo: cuatro goles y cinco expulsiones, 3 para San Lorenzo Navarro y Coudanes al minuto 2 y Rinaldi al 42, por agresión a un contrario y dos para el Atlético Bucaramanga: Onnis y el director técnico Montanini, luego de una bronca generalizada ocasionada por la agresión del argentino Rinaldi a su paisano Onnis del Bucaramanga. El árbitro Gilberto Aristizábal dio por terminado el encuentro al minuto 42 del segundo tiempo luego de que los argentinos decidieran retirarse del campo en medio de la silbatina de los 8000 aficionados que asistieron al estadio esa noche. Ese día, San Lorenzo formó con: Rubén Cousillas; Schamberguer, Biain, Higuaín (Perazzo 3 ST)y Videla, Coudanes, Insúa y Batalla, Bueno(Quinteros), Rinaldi(18 ST) y Navarro; mientras que el Leopardo lo hizo con: Vasco; Hernández, Moris(23 ST), Valoyes y García; Faillace, Méndez y Muñoz(Onnis 16 ST), Osma, Holguín y Koop(Paredes)56​

Una huelga y una goleada
El 29 de mayo de 1983 se jugó otro partido amistoso, esta vez contra el Internacional de Porto Alegre, que se encontraba de gira por Colombia, perdiendo 1-4 en el Estadio Alfonso López57​ en un partido improvisado en el que no estuvieron presentes la mayor parte de los titulares leopardos, incluidos los argentinos Alejandro Onnis, Juan Carlos Díaz, Carlos Enrique Landaburo y Miguel Oswaldo González quienes se encontraban en paro por el incumplimiento salarial del club. Con la dirección arbitral de Armando Pérez, los equipos formaron así: Bucaramanga con Suárez (Duarte), Ceballos (Hernández), Viloria (Ardila), Mendoza, Churio, Faillace, Salazar, Méndez, Granados, Osma y Ferrer (Alarcón). Internacional con Benítez, Edevaldo, Mauro, Pastor (Darío), Lui, Cereta, Galvao, René (Gerson), Rubén Paz, Silvio, Geraldo y Silviiho.58​

El formidable equipo de 1984
Para 1984, cuando incluso estaba en entredicho la participación en el torneo, el industrial santandereano Carlos Ardila Lülle, apoyó la presencia del equipo en la temporada. Cuando menos se esperaba, por las dificultades económicas, Herman “Cuca” Aceros, cumplió una gran campaña llevando a la institución al octagonal final. Ese era un equipo muy fuerte en el Estadio Alfonso López, condición que mantuvo durante el octagonal, al tiempo que los resultados que habían sido esquivos de visitante durante el año, empezaron también a darse en esa fase final, pues el Atlético había vencido al Atlético Nacional en el Estadio Atanasio Girardot por 2-0 y había obtenido sendos empates en Santa Marta y Barranquilla; por lo que hasta la fecha 10 el equipo iba tercero a 2 puntos de América de Cali y 1,25 de Millonarios, equipo este último al que enfrentó en la fecha 11 el 5 de diciembre perdiendo 1-2 en Bogotá en un disputado partido en el que al minuto 3 del primer tiempo el Atlético perdía ya 1-0 por un penal que el juez uruguayo Juan Daniel Cardellino en uno de los peores arbitrajes de su vida, como reseñó el periódico El Tiempo al día siguiente, sancionó tras una falta inexistente de Luis Landaburu sobre Acisclo Córdoba. A pesar de eso a veces jugando hasta con 7 delanteros el Atlético consiguió el empate transitorio. Tras el 2-1 a favor de Millonarios vino el desconocimiento del que sería el empate 2-2, tras un cabezazo de Alexander Churio que Miguel Prince rechazó luego de que el balón había traspasado la raya de gol y que el árbitro uruguayo Juan Daniel Cardellino ni sus auxiliares vieron.,,59​60​61​ Al final, el árbitro uruguayo le perdonó la expulsión a Oscar Muñoz por una falta grave y a Luis Landaburu quien enloquecido por la derrota continuamente le gritaba que tenía la conciencia sucia, hecho este último confirmado por el propio Landaburu en una entrevista radial en diciembre de 2012. Los partidos posteriores, un empate ante Unión Magdalena y derrota ante América de Cali, ambos en el Estadio Alfonso López lo dejaron eliminado de toda opción y al final la derrota de visitante 2-3 ante el Independiente Medellín ubicó al equipo en el sexto lugar.

Se recuerda en este equipo a los colombianos Luis Fernando “Chonto” Herrera, Alex Churio, Américo Quiñonez, Oscar Muñoz, Janio Cabezas, Orlando Maturana y Alfredo Ferrer. Los extranjeros, todos argentinos, eran Luis Alberto Landaburu, José Gerardo Galván, Juan Carlos Díaz, Héctor Ramón Sossa y Miguel Oswaldo González.62​

En ese mismo año de 1984, el 20 de junio, con el propósito de realizar el homenaje de despedida del fútbol a un grande, Misael “Papo” Flórez se realizó un encuentro amistoso en el Estadio Alfonso López entre Atlético Bucaramanga y la selección Colombia de mayores dirigida por Efraín “Caimán” Sánchez que se preparaba para las eliminatorias al campeonato mundial de México 1986 y que tuvo esa noche en la cancha a Carlos Valderrama, Willington Ortiz y Arnoldo Iguaran entre otros. El resultado final, 3-0 a favor de un “Leopardo” aguerrido, incisivo, veloz, sin pausa hacia el ataque y con un altísimo sentido de juego colectivo dejó en ese momento serias dudas acerca del futuro de la selección. Los goles fueron anotados en el primer tiempo por Juan Carlos Díaz al minuto 3 y luego por Alfredo Ferrer al minuto 9 y al 43. Misael “Papo” Flórez jugó los primeros 25 minutos y se retiró en medio de la ovación de los diez mil aficionados que asistieron,.63​64​En 1985 el club jugó un partido amistoso contra la selección juvenil de Colombia también en el Estadio Alfonso López que se preparaba para el campeonato mundial de la URSS, ganándole por marcador de 2-0.

En 198565​ se conservó casi toda la nómina de 1984,66​ con excepción de Juan Carlos “nene” Díaz y de Alfredo “pirata” Ferrer quienes fueron transferidos a Millonarios y reemplazados por Rubén Alfredo “gallego” Pérez y Guillermo Serrano. El equipo alcanzó a ubicarse séptimo en el octagonal de 1985 y sin opción alguna de disputar título, debió concentrar los esfuerzos de todos en colaborar para que Miguel Oswaldo González, quien estaba en competencia con Juan Gilberto Funes de Millonarios en el primer lugar de la tabla de artilleros; culminará goleador de ese campeonato. Funes y González estaban empatados con 33 goles en la última fecha del año, el 22 de diciembre de 1985. El partido en Bogotá había ya terminado, pero Bucaramanga seguía jugando porque un corte de luz de 20 minutos había retrasado la continuidad del encuentro con el DIM, que ganaba en ese momento 3-2 en el Alfonso López. Finalmente, los esfuerzos de un equipo desordenado que jugaba sin dirección técnica en ese momento (Alberto Forero había sido despedido hacía varias fechas), logró que el “negro” González pudiera anotar el definitivo 3-3 de esa noche, coronándose por segunda vez goleador del campeonato con 34 anotaciones.

El gol del “kilométrico” Reyes
El 11 de septiembre de 1985 Atlético Bucaramanga enfrentaba al Once Caldas en el Alfonso López, en un partido cerrado sin mayores opciones de gol. Guillermo Serrano recibió un pase de Zabulón Ruiz en el área del Caldas, eludió al arquero Munutti y entrando al área chica, pateó al arco. El árbitro Carlos Alberto “Kilométrico” Reyes, corrió hacia la mitad del campo validando el gol; pero la pelota no entró, pasó rozando el vertical y se fue más allá de la línea final. Las protestas de los jugadores del Once Caldas no se hicieron esperar, al tiempo que González colocaba la pelota en la mitad del campo. Luego de 15 minutos de protestas, se invalidó el gol y el partido se reanudó. Irónicamente, el mismo Serrano marcó un gol a un minuto del final, que Reyes en otra equivocación, anuló por fuera de lugar, dejando el resultado final 0-0.67​

Para 198668​ se había desarmado casi por completo el equipo del 85, confiándose a juveniles santandereanos la responsabilidad de afrontar el torneo; lo que sumado al pobre desempeño de los jugadores argentinos que se contrataron, dio como resultado una temporada para olvidar. Lo único rescatable de ese torneo fue que Nelson “La Piraña” Díaz marcó el gol 2000.

En 1987,69​ asumió la presidencia del club el político Tiberio Villareal Ramos, quien intentó armar un equipo con una nómina sobresaliente bajo la dirección de Víctor Pignanelly. Sin embargo, no se pudo clasificar al octagonal final al quedar en el noveno lugar empatado en puntos con el octavo, pero superado por mayor número de partidos ganados, que era el principal ítem de desempate en esa época.

198870​ y 198971​ fueron años en los que se desempeñaron pobres campañas, pero se dejaron sentadas las bases para la conformación del formidable equipo de 1990.

Se destaca por el florecimiento de nuevos talentos y la conformación de escuadras que dieron espectáculo y se ubicaron en sitios de privilegio en las estadísticas.

Se recuerda los años ochenta como la época más fecunda en la promoción de jugadores procedentes de las divisiones inferiores del Club.

Adalberto “Watussi” Lozano, Adolfo Holguín, Alexander Churio, Aníbal Méndez, Alfredo Ferrer, Armando Osma, Hernando García, Eugenio Uribe, Oscar Upegui, José Luis García, Martín Peluffo, William Ruiz, Zabulón Ruiz, Miller Cuesta, Elías Correa, Ricardo García, Domingo Alarcón, Oscar Muñoz, Orlando Maturana, Jhon Freddy Van Stralhem, William Castro, Gregorio Espinel, Julio César Sarmiento, Miguel Balaguera, José Luis y Martín Balcucho fueron algunos de los jugadores que debutaron en el fútbol colombiano vistiendo la camiseta del Atlético.

Los Extranjeros más destacados de esta década se encuentran: Edgardo Luis Paruzzo, Sergio Saturno, Juan Carlos Díaz, Miguel Oswaldo González, Carlos Enrique Landaburu, Daniel Baglioni, Daniel Killer, José Gerardo Galván, Héctor Ramón Sossa, Luis Alberto Landaburu, José Luis Russo, Luis Darío Erramuspe, Rubén Alfredo Pérez, Erwin Romero, Luis Ernesto Sosa y Alfredo Oscar Rifourcat entre otros.72​

Década 1990 – 2000
La era Tucho Ortiz
Para la temporada de 199073​ asumió el técnico antioqueño Humberto “Tucho” Ortiz, quien ligó tres buenas campañas, sobre todo la inicial. Fue cuestionado porque no practicaba un fútbol vistoso, pero ese fue a la postre un equipo sensato y auténtico, que jugaba acomodando el libreto a las características de sus jugadores. El equipo inició el campeonato de 1990 quedando primero en la fase de pentagonales regionales, enfrentando posteriormente al Independiente Medellín y a América de Cali en la serie de triangulares. Para el torneo finalización se desarrolló una brillante campaña quedando tercero, lo cual le valió la bonificación que a la postre le permitió llegar al cuadrangular final al superar al Deportivo Cali y al Deportes Quindío. Se recuerda el gol de media cancha de Pedro Manuel Olalla que permitió la victoria sobre el Deportes Quindío por 2-1 en Armenia y que dio la clasificación al cuadrangular final enfrentando a América, Nacional y Santa Fe.74​

Todos los rivales sabían que jugaba al pelotazo, pero con el mismo estilo salía avante. Todos le apuntaban al mayor, y el mayor era la cabeza de “Kiko” Barrios; Polo, Ramoa, Rico, Villar, se la lanzaban para que este definiera o la bajara para concretar. Así de fácil, eso parecía, y con la misma fórmula fue tercero y se acercó por primera vez a la Copa Libertadores.

Era tal el poderío aéreo del “Leopardo”, que el 28 de noviembre de 1990 cuando jugaron Santa Fe y Bucaramanga en el estadio “El Campín”, en desarrollo del cuadrangular final; se dio un hecho curioso al presentarse el cobro de una falta desde el costado derecho de la cancha, cerca del área santafereña. Polo pateó la pelota al centro del área y Jesús “Kiko” Barrios saltó en medio de los centrales rojos acomodando la pelota en el fondo del arco, sin que el arquero Fernando Hernàndez pudiera hacer nada para evitarlo. Sin embargo, el árbitro John Jairo Toro no validó el gol, pues no había autorizado el cobro. Un minuto después, el árbitro pitó, Polo cobró, “Kiko” Barrios cabeceó y el balón volvió a caer exactamente en el mismo sitio del arco. Fue el 1-0 de un partido que concluyó 2-2.75​

Ese año, el equipo clasificó al cuadrangular final con dos goles de Pedro Manuel Olalla, uno de ellos de media cancha, al ganarle en un emotivo partido al Deportes Quindío en el Estadio Centenario de Armenia por 2-1. Al final terminó tercero en el cuadrangular, detrás de América de Cali y Atlético Nacional, equipo este último al que derrotó 1-0 el 16 de diciembre de 1990 en el Estadio Atanasio Girardot.76​

En la era de Humberto “Tucho” Ortiz, quien dirigió al equipo en 150 partidos de campeonato desde el 1 de abril de 1990 hasta el 25 de noviembre de 1992 se logró consolidar un equipo muy sólido que consiguió excelentes resultados, especialmente en el Estadio Alfonso López, escenario en donde alcanzó a acumular 40 partidos sin perder entre 199177​ y 1992,78​ llegando a acumular el máximo invicto de local entre todos los equipos de la Conmebol en ese momento. En 1992 dejó una marca histórica para la institución; 26 partidos invicto como local, permitiendo solo 9 goles en el Alfonso López. Durante todo el tiempo que estuvo al frente del equipo, jugó 75 partidos en el Estadio Alfonso López, de los cuales solo perdió 6.

Luego de tres exitosas temporadas con el equipo, Ortiz fue despedido por los dirigentes de la época, Eduardo Valdivieso Mantilla, Hernando Quijano Flórez, Jaime Ordóñez, Jaime Arenas Pérez, Alonso Lizarazo y el mayor accionista Tiberio Villarreal quienes lo reemplazaron por Norberto Peluffo para de cambiar el sistema del pelotazo por un fútbol más moderno y dinámico, lo que a la postre, llevó al equipo dirigido por Peluffo al primer descenso en 1994.79​

Primer descenso
Artículo principal: Campeonato colombiano 1994
En la temporada de 199480​ el club desciende por primera vez al Torneo de ascenso, luego de ser último del campeonato, apenas a tres goles de diferencia del Cortuluá.

La tarde del descenso el escenario fue el Estadio Hernán Ramírez Villegas de Pereira y aunque el ‘Leopardo’ derrotó a los locales 1-0 con gol de Óscar Valencia (33’ s.t.), el resultado de nada sirvió, pues Cortuluá, que debía perder en su patio ante Millonarios, empató 1-1 y llegó a 38 unidades en la tabla de posiciones, igualando con el Bucaramanga, pero superando por diferencia de gol (-14 frente a -17).81​

De nada sirvieron los 20 goles que hizo el argentino Jorge Ramoa ese año (los mismos que logró el gran Arnoldo Iguarán con Millonarios) ni los 10 más que consiguió Jesús ‘Kiko’ Barrios, pues tres anotaciones de diferencia marcaron la suerte del Atlético, que se convirtió en el tercer equipo que descendió en el fútbol colombiano desde que se creó ese sistema, luego de Real Cartagena en 1992 y Deportes Tolima en 1993..82​Esa campaña del Atlético terminó con 10 victorias, 18 empates y 18 derrotas; 52 goles a favor y 69 en contra, y la tristeza más grande que hasta ese momento vivía la hinchada amarilla. Pero el cambio de reglamentación que implementa el calendario colombiano igual al europeo (con campeón en el mes de junio), hizo que en 1995 se jugará un torneo nivelación, el cual permitió el regreso del Bucaramanga a la máxima categoría del fútbol colombiano en sólo cuatro meses, luego de coronarse campeón de la Primera B.

Campeón Primera B 1995
El equipo tuvo un excelente rendimiento durante el torneo logrando la clasificación a las finales. El hexagonal final lo disputó contra Alianza Llanos, Lanceros Boyacá, Unicosta, Real Cartagena y Cóndor, ganando 8 partidos, empatando uno y perdiendo solo el último por 1-2 frente a Alianza Llanos en Villavicencio, partido que fue enfrentado por la nómina alterna del “Leopardo”.

El 25 de junio de 1995 con un ‘Alfonso López’ abarrotado por unas 9.000 personas, el Atlético Bucaramanga venció en la octava fecha 1-0 a Lanceros Boyacá con gol de Jesús ‘Kiko’ Barrios y logró la ventaja suficiente para asegurar el ascenso a la Primera División al quedar ganador de la Primera B en la temporada 1995 (23.00 puntos frente a los 15.50 de los boyacenses).83​

El equipo amarillo promediaba en esa octava fecha siete victorias, un empate, 10 goles a favor y ninguno en contra, lo suficiente para retornar a casa.84​

El Atlético Bucaramanga ganó el campeonato sin recibir ningún gol en contra en el Estadio Alfonso López y obtuvo nuevamente el derecho de jugar en la máxima categoría en el torneo siguiente (1995-96).85​

Este equipo lo integraron Guillermo Rodolfo Guarnieri, Arturo Reyes, José Fernando Salazar, Ricardo García, Miguel Montañez, Oscar Upegui, Juan Carlos Alarcón, Dumar Rueda, Néstor Salazar, Jairo Martínez, Jhon Alex Rodríguez, Jorge Ernesto Ramoa, Jairo “Tigre” Castillo, Vladimir Campo, Jesús “Kiko” Barrios, entre otros.

En ese torneo de 1995 Guillermo Rodolfo Guarnieri se convirtió en el arquero con el mayor número de minutos sin recibir gol en la historia del fútbol Profesional colombiano, con 1122 minutos. Ese registro lo consiguió en el torneo del Ascenso durante 13 fechas, algo difícil de igualar.86​ Otros arqueros que en el campeonato colombiano han logrado menores invictos han sido: Otoniel Quintana, 1024 minutos en 1971 jugando para Millonarios, Julio César Falcioni 770 minutos en 1981 con el América de Cali, Roque Montalvo 755 minutos en 1972 con el Deportes Tolima y Pedro Antonio Zape 720 minutos en 1974 con el Deportivo Cali.

El subcampeonato
Artículo principal: Campeonato colombiano 1996/97
En la temporada 1996-97 el Atlético Bucaramanga ganó el Torneo Adecuación, superando al Deportes Quindío,87​ al vencerlo en la serie final que inició en Bucaramanga con triunfo 2-188​ a favor del Leopardo y culminó en empate a un gol en un dramático partido disputado en Armenia, el 14 de diciembre, en el que Bucaramanga logró el cupo a la final con gol de Orlando Ballesteros en el último minuto del partido, ya en tiempo de reposición. Diego Pizarro recibió la pelota en el borde del aérea de Deportes Quindío, 89​ antes de controlarla se dio el lujo de hacer la ‘veintiuna’ y después asistió a Gustavo Restrepo. Este último envió un centro medido que Miguel Montañez conectó de cabeza para enviarla al palo izquierdo de Aguirre; el portero logró desviar en una volada espectacular y haciendo honor a su ‘remoquete’, ‘El Fantasma’ Ballesteros apareció de la nada y de soberbio derechazo anotó el gol más importante en la historia del Atlético Bucaramanga. Los trece hombres que silenciaron el estadio Centenario de Armenia fueron: José Castañeda, Gustavo ‘El Misil’ Restrepo, Miguel Montañez, Manuel Galarcio, Alfonso Romero, Álex Rodríguez, Manuel Martínez, Lucio España, Wilmar Moreno, Henry Vásquez, Orlando Ballesteros, Diego Pizarro y Nelson Gómez.90​

Ese Bucaramanga demostró ser capaz de sorprender cuando peor estaba jugando, pudo remontar marcadores y conseguir lo imposible. Así lo hizo en la temporada 1996-97 en la Copa Mustang luego de sorprendentes actuaciones memorables quedó vicecampeón y segundo en la misma temporada.91​

La gran final del año se disputó contra el vencedor del torneo apertura, América de Cali.92​ La final favoreció al América luego de las derrotas bumanguesas 0-1 en casa y 2-0 de visita. La derrota en la final significó el subcampeonato y la clasificación para jugar la Copa Libertadores 1998.

El diseño del torneo era largo, con dos campeonatos para decidir tanto los cupos a la Copa Libertadores y Conmebol, como el campeón y subcampeón del fútbol colombiano. Durante el primer torneo el desempeño del equipo fue intrascendente. Sin embargo, fue en el segundo semestre del año cuando el Atlético Bucaramanga mejoró su nivel y se convirtió en gran protagonista del evento.

El tramo final del campeonato estuvo lleno de emociones. En el último encuentro, estaba por definirse el equipo que iría a un enfrentamiento con el ganador del grupo A, Bucaramanga estaba en el B y disputaba con Millonarios esa posibilidad de asegurar el cupo a una competencia internacional. El estadio Metropolitano fue el testigo mudo de la hazaña. Bucaramanga goleó 4-0 al Junior, hacía 35 años que ‘los tiburones’ no perdían por tan abultado marcador en su casa. Fue una tarde para no olvidar. En Bogotá se jugaba la otra mitad de este partido, entre Millonarios, que estaba igualado en puntos con el Atlético y el Cortuluá, que ya no tenía nada qué hacer. La diferencia entre los búcaros y los embajadores era de un gol. Millonarios derrotó al Cortuluá 4-1. Mientras que el Atlético, con goles de Gustavo ‘Misil Restrepo’ en dos oportunidades de penal, Miguel Montañéz, de penal y Lucio España de larga distancia, consiguió el cupo para la final contra el Deportes Quindío. La tarde fue redonda, puesto que José Fernando Castañeda, constituido en ‘cerrojo’ del arco canario, le tapó un penalti a Bernardo Redín cuando el partido se encontraba 0-0.93​

El técnico de ese equipo fue Carlos Mario Hoyos, mientras que en la nómina no había figuras, incluso había algunos jugadores que venían de la Primera B. Algunos jugadores que hicieron parte de esta importante campaña fueron: José Fernando “Chepe” Castañeda, Gustavo “Misil” Restrepo, Miguel Montañez, Manuel Galarcio, Pablo Casquete, Luis Alfonso “Cheo” Romero, Jhon Alex Rodríguez, Lucio España; Arturo Reyes, Diego Pizarro, Wilmar Moreno, Fredy Guirán, Armando “Piripi” Osma, Marcelo Enrique Ibáñez, y Orlando Ballesteros, entre otros. En 1999 el equipo logró el que ha sido el mayor invicto de la historia en la Primera A, al acumular 12 partidos sin conocer la derrota entre el 18 de octubre de 1998 y el 28 de febrero de 1999.

En esta década se recuerdan jugadores nacionales y extranjeros de renombre que vistieron la camiseta leoparda, junto a una generación excepcional de jugadores santandereanos entre quienes se cuentan Jhon Fredy Van Stralhem, Oscar Upegui, Eugenio Uribe, Ricardo García, Elías Correa, Luis Gabriel Rey, Dúmar Rueda y Robert Villamizar.

Los extranjeros más destacados de esta década se encuentran: Pedro Manuel Olalla, Jorge Ernesto Ramoa, Héctor Gerardo Méndez, Luis Alberto Noé, Luis Eduardo Chabat, Juan Carlos Arguedas, Guillermo Rodolfo Guarnieri, Horacio Marcelo Arce, Marcelo Enrique Ibáñez, Oyié Flavié y Wilson Núñez entre otros.

La década de los noventa ha sido la más fructífera en la historia del club: El subcampeonato de 1996-97, el tercer lugar de 1990 y además se logró la clasificación a las finales en 1991, 1992, 1993, 1998 y 1999.94​

Década 2000 – 2010
En el 2000, el Atlético Bucaramanga comenzó el nuevo siglo con problemas económicos y administrativos.[cita requerida]

El Descenso frustrado del 2001
El equipo no consigue buenos resultados en las temporadas 200095​ y 200196​ por lo que ocupa el último lugar de la tabla del promedio con 88 puntos en la temporada 2001 con lo cual el equipo desciende a la Primera B al quedar último en la lucha con los equipos Atlético Huila 95 Puntos, Real Cartagena 97 Puntos, Deportivo Pereira 101 Puntos y Deportivo Pasto 106 Puntos, sin embargo una modificación en el reglamento para el año 2002 de la Asamblea General de Clubes aprobó que se jugará el Torneo Profesional con 18 equipos, sumándole a los 16 actuales dos de los tres socios que en ese entonces se encontraban participando en el Campeonato de la Categoría Primera B.

El Triangular de ascenso de 2001
Entonces se organiza un triangular en la ciudad de Cartagena de Indias en diciembre de 2001 junto con los equipos Cúcuta Deportivo y el Unión Magdalena ocupando el Atlético Bucaramanga el segundo puesto sin anotar un solo gol. Perdió el primer partido 0-2 frente a Unión Magdalena y empató sin goles en tiempo reglamentario con Cúcuta Deportivo pero al final lo derrotó por lanzamientos desde el punto penal 4-3, pues los cucuteños habían perdido el primer partido por idéntico marcador. Por Atlético Bucaramanga patearon Hernán Andrés Sarmiento, quien erró y convirtieron Wilson Nuñez, Néstor Cuadros, Andrés Estrada y Leonel Rocco, héroe esa tarde porque también atajo el primero y el cuarto cobro del Cúcuta Deportivo, situación esta última que fue protestada por los jugadores del Cúcuta porque al parecer Rocco se adelantó en el cobro del jugador Gerson Vallejo, pero el árbitro Jorge Hernan Hoyos validó la acción.97​

El equipo dirigido por Alexis García, formó ese 20 de diciembre de 2001 con Leonel Rocco, Hernán Andrés Sarmiento, César Vásquez, Oscar Upegui, Edwin Calle, Andrés Estrada, Oyié Flavié, Néstor Cuadros, Blaimir Ambuila, Felipe Rivas y Wilson Nuñez.

Logró así el club ganarse uno de los dos nuevos lugares en la Primera A para el torneo de 2002, quedando para la historia como el único equipo que ha descendido y que no ha jugado la temporada siguiente en la Categoría Primera B.98​

Al respecto escribió el periódico Vanguardia Liberal “Los fanáticos que vinieron desde Bucaramanga, ubicados en la tribuna de sol, saltaron al gramado del estadio Pedro de Heredia y abrazaron a sus jugadores. Hubo lágrimas de felicidad. Se palpaba una alegría infinita por un equipo que le quedó debiendo todo”.

2002-2006
Para el primer semestre de 2002 se armó una plantilla competitiva con jugadores como Orlando Maturana, Juan Carlos Henao, Wilson Carpintero, Hernán Andrés Sarmiento, Luis Moreno, Ancízar Valencia y el equipo estuvo a punto de jugar la final, quedándose fuera de esa instancia a último momento al perder un partido decisivo 1-2 contra el Deportivo Cali en el Estadio Alfonso López. En el segundo semestre de 2002,99​ nuevamente el Atlético Bucaramanga realizó una buena campaña, consiguiendo entrar a los cuadrangulares semifinales, en las que disputó de cerca la posibilidad de llegar a la final. En 2003,100​ luego de un comienzo exitoso en el que incluso alcanzó a ser líder del campeonato, terminó eliminado de las finales.101​ En el segundo semestre de 2004,102​ participó por última vez de las finales del Campeonato de Primera A, relegando sus posibilidades casi desde el inicio de estas.

En 2005,103​ el equipo fue eliminado en la fase inicial de ambos torneos.104​105​

En el primer semestre de 2006,106​ el equipo dirigido por Nelson Reyes se ubicó en el puesto 12 de la reclasificación,107​ y en el segundo semestre debió trasladarse a Barrancabermeja debido a las obras de remodelación que para ese momento se realizaban en el Estadio Alfonso López, lo que junto con las malas relaciones entre el cuerpo técnico y el dueño del equipo porque el hijo de este no alineaba con el equipo titular, llevó a la renuncia del director técnico Nelson Reyes a mitad del torneo.108​ Finalmente, la presión de gobernación, periodismo deportivo y aficionados obligó al dueño en ese entonces, Luis Fernando Yepes a vender el equipo a la familia Cadena Mora.

En 2006, el 16 de diciembre, se inauguró la nueva cancha sintética del Estadio Alfonso López y para ello se organizó un partido amistoso con el Club Olimpia de Paraguay. En el acto inaugural se le hizo un reconocimiento a Américo Montanini y a Herman el “Cuca” Aceros, dos grandes de la historia del equipo. El gobernador Hugo Aguilar Naranjo fue el encargado de hacer el saque de honor. La cancha sintética tuvo un costo de mil 200 millones de pesos y se logró luego de un trabajo de cinco meses, tiempo en el que el equipo Leopardo debió jugar en Barrancabermeja. El Atlético Bucaramanga perdió 1-2. El gol del Atlético fue convertido por Luis Fernando Lugo, siendo este el primero que se anotó en la nueva era del estadio Alfonso López.

Inicia la era Cadena
En el primer semestre de 2007,109​ El equipo de Miguel Augusto Prince, a pesar de realizar una campaña irregular, con 27 puntos se alejó de las posiciones de descenso y estuvo a punto de ingresar a los cuadrangulares pero por diferencia de goles perdió la posición frente a Santa Fe que ganó en Ibagué 2-1 al Deportes Tolima, 110​111​ con un discutido arbitraje de Jorge Hernán Hoyos.112​113​ 114​ En la fecha 17, Edwards Jiménez marcó el gol 3000 en el Estadio Alfonso López cuando el Leopardo venció al Atlético Nacional 3-2.115​116​

Para el segundo semestre había salido Miguel Augusto Prince y su reemplazo fue la dupla Upegui-Reyes que obtuvo resultados desastrosos en las primeras cuatro fechas del torneo; por lo que posteriormente llegó Eduardo Retat quien intentó pelear nuevamente por no descender y pudo evitar jugar el partido de Serie de Promoción, al conseguir una victoria en su último partido de la temporada dejando al Deportivo Pereira ese puesto.

En el proceso de preparación para enfrentar el primer semestre de 2008, el Atlético Bucaramanga ganó la Copa Feria del Sol en Mérida, Venezuela al imponerse a Atlético Junior y Deportivo Táchira pero ocupó la posición 10 del torneo quedando eliminado nuevamente de los cuadrangulares finales,117​ por lo que fue despedido Retat y en su reemplazo se nombró a Víctor Luna.

Segundo descenso
En el segundo semestre de 2008,118​ Víctor Luna desarmó el equipo, despidiendo a casi todos los jugadores experimentados del equipo y enfrentando el final del torneo con jugadores juveniles, lo que llevó a que al final el club se ubicará en el puesto 15 de la reclasificación y en el último lugar en la tabla del descenso, con 126 puntos,el equipo leopardo descendió el día domingo 16 de noviembre de 2008 perdiendo 3-0 ante el equipo Deportivo Pereira en la última fecha del todos contra todos este partido era definitivo ya que el equipo que perdiera bajaría de forma directa al torneo de ascenso, debiendo jugar la temporada 2009 en la Categoría Primera B el partido fue en el estadio Hernán Ramírez Villegas.119​120​

2009: Retorno a la Primera B
En 2009, regresó a jugar en el torneo de la Primera B121​ y logró la mayor cantidad de puntos del año con 89 en la reclasificación.

El campeonato 2009 de la Primera B se jugó en dos fases, en el primer semestre del año el Atlético Bucaramanga realizó una gran temporada ganando una gran cantidad de partidos en el Estadio Alfonso López y en otras plazas terminando en el primer lugar al final de la fase de nonagonales con 41 puntos en 18 partidos, correspondiéndole enfrentar en las finales a Deportivo Rionegro, Cortuluá, y Deportes Palmira con resultados desastrosos. Al final solo tres puntos de 18 posibles que lo dejaron último del cuadrangular ganado por Cortuluá, que a la postre fue el vencedor de ese primer torneo.

En el segundo semestre, luego de terminar segundo en su nonagonal con 32 puntos, ganó el cuadrangular final enfrentando a Corporación Deportiva Real Santander, Asociación Deportiva Unión Magdalena y Centauros Villavicencio, obteniendo el derecho a disputar la final del Torneo Finalización contra el Atlético de la Sabana ganando por marcador global de 3-2,122​ ganando así el derecho de disputar el título del año frente al Cortuluá.123​124​

La final del año comenzó mal para los búcaros, al caer 3-0 en el Estadio Doce de Octubre del municipio de Tuluá. En la vuelta, los entonces dirigidos por Jesús “Kiko” Barrios empataron 1-1,125​ relegando sus posibilidades de ascenso a lo que sucediera en la serie de promoción frente al Deportivo Pereira. En ambos partidos el Bucaramanga perdió, 2-1126​ en casa y 3-2127​ de visitante.

Este periodo se destaca por la escasa promoción de las divisiones inferiores del club, pues pocos santandereanos debutaron con el equipo y las plantillas se conformaron principalmente con jugadores nacidos en otras regiones. Los más destacados fueron: Sherman Cárdenas, Hernán Andrés Sarmiento, Edwards Jiménez, John Ulloque, James Aguirre, Marlon Francisco Díaz, Yeison Chacón, Edinson “la pulga” Pinzón e Iván Garrido.

Entre los extranjeros más destacados de esta década se encuentran: Héctor Walter Burguez, Leonel Rocco, Ruberth Morán, Carlos Alberto Escouto, Marcos Cardoso “Marquinho”, Juan Manuel Zandoná, Diego Martín Bonilla, Luis Barbat, Jorge Daniel Casanova, Mariano Carlos Caporale, entre otros.

Década 2010 – 2020
Esta época, es la más complicada en la historia del Club por la permanencia prolongada en la Primera B y la ausencia de resultados deportivos de notoriedad incluso en esta división que aseguran la permanencia del Atlético Bucaramanga en esta categoría, al menos hasta diciembre de 2012; por lo que en reiteradas ocasiones la comunidad deportiva de Santander, le ha solicitado al presidente del equipo que no continue al frente de la Institución.128​

La maldición del gallo negro
Los malos resultados obtenidos por el equipo en los últimos años, en los que han venido jugadores y entrenadores que han sido exitosos e incluso han ganado el campeonato de la Primera B con otros equipos, ha dado origen a una serie de explicaciones relacionadas con la gestión de los directivos,129​ la cancha sintética,130​ factores sociales asociados al rendimiento de los jugadores131​ e incluso, en el imaginario del hincha, como ha sucedido también con otros equipos en Colombia y otros países,132​ se ha considerado también la posibilidad de que exista algún fenómeno paranormal involucrado en la desgracia del club. Existe una versión en la cual se le atribuye a dos exjugadores del equipo que salieron en malos términos con el presidente Cadena, el sacrificio de un gallo negro en Buenaventura, haciendo un entierro y rociando con la sangre del ave varios uniformes del club, según un jugador le manifestó en diciembre de 2010 a Jesús “Kiko” Barrios y al periodista Felipe Zarruk.133​

Primera B. Estadio Alfonso López. Atlético Bucaramanga vs. Unión Magdalena. Cuadrangular final Copa Premier 2009.
El desastre de 2010
En enero de 2010 el Atlético Bucaramanga hizo una gira por Perú, jugó contra José Gálvez de Chimbote empatando 1-1 y participó en la noche rosada de Sport Boys del Callao perdiendo 1-0.134​ 135​ 136​ Para jugar la temporada 2010,137​ se hizo una gran inversión económica para traer jugadores de alto nivel competitivo como Léider Preciado, Milton Patiño, Mariano Caporale, Jersson González, Hilario Cuenú, Daniel Gamarra, José Herrera y Hernán Andrés Sarmiento entre otros, pero el Atlético Bucaramanga realizó una de las peores campañas de su historia llegando a estar en el puesto 14 al final del primer semestre y el entrenador Miguel Augusto Prince fue despedido. Para el segundo semestre, se despidieron varios jugadores y llegó nuevamente “Kiko” Barrios y el equipo clasificó octavo a los cuadrangulares semifinales,138​ 139​ pero perdió todos los partidos disputados contra Deportivo Pasto, Bogotá F. C. y Patriotas Boyacá y hubo un escándalo por presunto soborno en el que se vieron implicados el técnico Barrios y los jugadores Daniel Murillo y Fernando Batiste quienes fueron sancionados por la Dimayor.140​141​ Debido a ello fue despedido “Kiko” Barrios y llegó Fernando Velasco como técnico para la temporada 2011.142​

Los peores años en la Primera B: 2011 y 2012
Para 2011,143​ fueron despedidos casi todos los jugadores del plantel con excepción de José Herrera y Andrés Sarmiento por ser los de mejor rendimiento en la temporada 2010, así como Deybi Rodríguez y Julián Vargas quienes permanecieron por solicitud de Fernando Velasco.

En el primer semestre de 2011 el equipo no tuvo un buen rendimiento en el estadio Alfonso López y perdió todos los partidos que disputó de visitante llegando a ser goleado en tres ocasiones, (2-5 frente a Unión Magdalena, 0-4 contra Centauros y 0-4 contra Cortuluá); lo que no había ocurrido nunca durante su permanencia en la Categoría Primera B. Al final de la fecha 12 el Atlético Bucaramanga había caído hasta el puesto 12 de la reclasificación y al último lugar del hexagonal regional de la Copa Colombia, por lo que periodistas y aficionados pidieron la salida del técnico Fernando Velasco como solución a la crisis del plantel,.144​ Sin embargo el presidente José Augusto Cadena lo mantuvo y el equipo terminó eliminado en el noveno lugar. Finalmente, debido a los malos resultados deportivos y el ambiente hostil de periodistas y aficionados; Fernando Velasco y la junta directiva del equipo llegaron a un acuerdo de desvinculación contractual, lo cual se expresó a la opinión pública mediante un comunicado.145​

Para el enfrentar el segundo semestre de 2011, se contrató a Carlos Mario Hoyos y se lanzó en conjunto con la Cámara de Comercio de Bucaramanga el proyecto “Todos somos el número 12” para acercar el equipo a la comunidad y democratizar el Club convirtiéndolo en sociedad anónima,146​ lo que se decidió el 29 de agosto de 2011 en reunión extraordinaria de la Asamblea General del Club. Los malos resultados continuaron y el equipo nuevamente terminó eliminado faltando tres fechas para finalizar la fase de clasificación de la Primera B, en la que ha sido la peor campaña desde la fundación del club147​ y Carlos Mario Hoyos fue despedido.148​

Fin de la era Cadena
Para enfrentar la temporada 2012149​ fue contratado Álvaro de Jesús Gómez.150​ y a un destacado grupo de jugadores que habían estado en temporadas anteriores como Alexander ‘el Conejo’ Jaramillo, Daniel Murillo, Luis Fernando Lugo, Nicolás Vikonis, Andrés Felipe Arboleda y Mariano Caporale y otros como Andrés Santamaría, Camilo Piedrahíta, José Largacha y Juan Guillermo Baena, en su mayoría solicitados por el director técnico. A pesar de eso los malos resultados continuaron y al final de la fecha 4 el equipo estaba relegado al puesto 11 con 4 puntos, a 6 del primer lugar,151​ por lo que fue contratado un psicólogo para mejorar el aspecto motivacional del club.152​ Dificultades económicas, incumplimiento a jugadores y malos resultados deportivos llevaron a que en la fecha 11 el equipo cayera al puesto 15 de la categoría B a 8 puntos del octavo lugar, terminando eliminado desde la fecha 13. Al final, el equipo quedó en el puesto 16 y la familia Cadena Mora vendió el equipo.,153​154​155​

En el segundo semestre continuó el rendimiento irregular del equipo y luego de la derrota como local por 0-2 ante Sucre F.C en la sexta fecha Álvaro de Jesús Gómez fue despedido156​ y reemplazado por Jesús Suárez,157​ con quien el equipo regresó temporalmente a los primeros lugares del campeonato y clasificó a semifinales de la Copa Postobón 2012.158​ En el cuadrangular final terminó último del grupo con tres puntos tras ganar un solo partido, por lo que fue cesado el director técnico Suárez y remplazado por Miguel Augusto Prince, quien llegó por tercera vez en 5 años y preparó el equipo de 2013.

El tercer fracaso de Prince
En el primer semestre de 2013, el técnico Miguel Augusto Prince mantuvo a los jugadores de mejor rendimiento durante 2012: James Aguirre, Raúl Cuesta, Juan Daniel Murillo, Jonathan Segura, Sergio Manosalva, Hernán Andrés Sarmiento, Yeison Chacón, Cristian Correa, Jonathan Lara, Elkin Barrera, Fabián Yantorno, José Largacha y vinculó a Aníbal Mosquera, Carlos Daniel Hidalgo, Yesid Martínez, Carlos Chávez, Armando Carrillo, Luis Yánez y el paraguayo Osvaldo Mendoza, quien fue despedido por bajo rendimiento a mitad de torneo.159​ Durante el semestre el equipo tuvo un rendimiento irregular manteniéndose en posiciones de media tabla dentro del grupo de clasificación, pero en la fecha 17 perdió un trascendental partido contra Real Santander cayendo a la posición 9, lo que provocó la renuncia del Presidente Óscar Córdoba.160​ Al final el equipo terminó eliminado en la posición 10,161​ Miguel Augusto Prince renunció y para remplazarlo se contrató a Bernardo Redin.162​

Una acción popular impopular
En julio de 2013 el Tribunal Administrativo de Santander al resolver una apelación a una Acción Popular fallada por el Juzgado Primero de descongestión de Bucaramanga ordenó el cierre para el público del Estadio Alfonso López, el Coliseo Vicente Díaz Romero y las piscinas olímpicas al considerar que no existían garantías de seguridad, por lo que el equipo debió buscar una sede alterna para enfrentar el segundo torneo de 2013 pues Alianza Petrolera no dio el aval para jugar en el Estadio Álvaro Gómez Hurtado de Floridablanca. El equipo debió disputar dos partidos del Torneo Postobón y otro de Copa Postobón a puerta cerrada en la cancha de Comfenalco mientras se definía la sede en la cual afrontaría el resto del campeonato. Luego de semanas de negociaciones y consultas la Dimayor definió a Ocaña como sede del equipo pero una semana antes del primer partido que debería jugarse en esa ciudad, el comité de desastres de Bucaramanga reconsideró la decisión tras intensa presión de los aficionados, el patrocindaor Freskaleche y la prensa deportiva local permitiendo que los partidos se disputaran con un máximo de mil aficionados para cumplir con la orden de no realizar “eventos con asistencia masiva de público” que fue lo que se determinó en la Acción Popular. La decisión definitiva del Comité de Gestión de Riesgo fue comunicada por el Secretario del Interior de Bucaramanga, René Rodrigo Garzón al periódico Vanguardia Liberal.163​164​

En el segundo torneo de 2013165​ se mantuvo a 17 jugadores de la plantilla y se contrató nuevamente a Juan Guillermo Baena.166​ El jugador Jonathan Lara salió de la institución tras haber sido suspendido dos años por dar positivo para dopaje luego del partido que el equipo disputó contra Depor Fútbol Club en Cali.167​ El equipo realizó esta vez una campaña aceptable en la fase de clasificación logrando su cupo para las finales con dos fechas de anticipación, pero en los cuadrangulares finales en los que enfrentó a Cortuluá, Jaguares y Rionegro terminó último con seis puntos. Bernardo Redin fue ratificado para la temporada 2014 y se contrató a José Horacio Basualdo como mánager deportivo del club,.168​169​

2014 el resurgimiento
En el primer semestre de 2014170​ el equipo inició perdiendo el primer partido del año en condición de local, pero luego en una de las mejores campañas durante su estancia en la Primera B, caracterizada por gran solidez defensiva, terminó primero en la fase todos contra todos clasificando a las finales del torneo. En cuartos de final enfrentó a Unión Magdalena perdiendo 1-2 como visitante y ganando 1-0 el segundo partido en el Estadio Alfonso López. La serie se definió por tiros desde el punto penal y el Leopardo ganó 5-4 avanzando a semifinales.171​ En semifinales enfrentó a Jaguares de Córdoba perdiendo el partido de ida 0-3 en Montería y aunque ganó el partido de vuelta en Bucaramanga por 3-0, perdió en la definición por tiros desde el punto penal por 6-5 quedando eliminado del torneo172​

En el segundo semestre de 2014 salieron los jugadores Pérez y Mera de gran desempeño en el torneo anterior siendo reemplazados por los argentinos Florez y Quevedo. El inicio irregular con varias derrotas en las primeras fechas que ubicaron al equipo por fuera de los ocho clasificados llevó en la séptima fecha a la salida del director técnico Bernardo Redín quien fue reemplazado por José Manuel “Willy” Rodríguez mejorando notablemente el rendimiento en el torneo, pero solo hasta la fecha quince pudo volver a entrar transitoriamente al grupo de clasificados. En la fecha siguiente volvió a ser desplazado a la novena posición por Real Cartagena173​ y tuvo que definir su clasificación a las finales en la última fecha derrotando al Real Cartagena 3-2 en el Estadio Alfonso López. En el cuadrangular final le correspondió enfrentar a Jaguares de Córdoba, Cúcuta Deportivo y Deportes Quindío pero los resultados fueron adversos y terminó en el tercer lugar del grupo con nueve puntos.174​175​176​

Cuadrangular de ascenso 2015
La Dimayor aprobó un cambio de reglamento en la asamblea general de octubre de 2014 para jugar la Categoría Primera A con veinte equipos al año siguiente, por lo que se decidió organizar dos cuadrangulares de ascenso en enero de 2015 en Bogotá con la participación de los equipos históricos de la Dimayor descendidos al Torneo Postobón en años anteriores. Tras los resultados de los cuadrangulares de Ascenso 2015 la junta directiva del club determinó la salida de 14 jugadores y el equipo bajo la dirección de José Manuel “Willy” Rodríguez empezó trabajos en diciembre de 2014 con solo ocho jugadores, lo que fue cuestionado por la hinchada y la prensa deportiva de la ciudad.177​178​179​ En ese torneo le correspondió enfrentar a Cúcuta Deportivo, Deportes Quindio y Real Cartagena y la ilusión mantenida por los hinchas de regresar a la Categoría Primera A fue sepultada luego de sendas derrotas frente a Deportes Quindío el 14 de enero por 1-0 y Cúcuta Deportivo 2-0 el 17 de enero. La Dimayor decidió que el tercer partido contra Real Cartagena no se jugara en razón a que los dos equipos quedaron eliminados.180​

2015: Nueva Etapa y Ascenso
Los jugadores que llegaron para los cuadrangulares de ascenso: Andrés Mosquera, José Barriosnuevo, Luis Payares, Luis A. Núñez, John Fredy Pérez, Carlos Giraldo, Daniel Cataño, Jair Palacios, Luis Sierra, César Amaya, José A. Moreno y los pocos que se quedaron de la temporada 2014 James Aguirre, Danny Cano, Luis Rivas, Hernán Sarmiento, Carlos Palacios, Aníbal Mosquera y Jeysen Núñez afrontan el inicio del campeonato bajo la dirección de José Manuel Rodríguez, ratificado a pesar de los resultados adversos.

Homenaje a Janiot con goleada
El 7 de febrero de 2015 falleció Roberto Pablo Janiot, exfutbolista y empresario Argentino, siendo uno de los ídolos del club y quien hizo parte del equipo de 1960181​ por lo que la Gobernación de Santander decidió rendirle un homenaje el 15 de febrero siguiente en el Estadio Alfonso López coincidiendo con la primera fecha del Torneo Águila en un partido frente a Expreso Rojo. El resultado final de 6-0 a favor del equipo Leopardo fue el triunfo más amplio logrado por el club durante su estancia en la Categoría Primera B.182​

Los buenos resultados continuaron y el equipo terminó la primera vuelta primero del campeonato con 37 puntos, invicto, con la delantera más efectiva y la valla menos vencida, acumulando 34 goles a favor y 10 en contra.183​184​ Además de Expreso Rojo, goleó en el Estadio Alfonso López a Fortaleza 4-1, a Leones 3-0 y al América de Cali 4-1, mientras que de visitante lo hizo 3-0 con Deportes Quindío en el Estadio Centenario de Armenia.185​

Para el segundo semestre salieron del equipo los hermanos Nuñez, Jhon Pérez, Pablo Rojas, se retiró del fútbol el Michi Sarmiento y llegaron Jarol Martínez, Félix García, Víctor Zapata, Paulo Cesar Arango, Jaime Sierra, Jhon Stewart García, Jose Najera y Alexis Ossa. Luego de 32 partidos el Atlético Bucaramanga terminó primero en la fase de todos contra todos disputada a dos vueltas con 71 puntos, producto de 21 partidos ganados y 8 empatados, perdiendo solo tres partidos186​

Cuadrangular final
En el cuadrangular final le correspondió enfrentar a América de Cali, Real Cartagena y Universitario de Popayán ratificando lo hecho durante todo el año, ganó el grupo en solo cinco partidos. Se destaca la goleada en el partido inicial al Real Cartagena 3-0 en el Estadio Alfonso López y el triunfo sobre el América de Cali de visitante por 1-0. La fiesta del regreso a primera fue la noche del 26 de noviembre en el Estadio Alfonso López con la asistencia de 12000 aficionados que en medio de juegos pirotécnicos y bajo la luz de una hermosa luna vieron como el Atlético derrotó a Universitario de Popayán 1-0 con gol de Víctor Zapata.187​ América de Cali hizo lo propio derrotando a Real Cartagena, resultado que favoreció al Bucaramanga, y lo puso de nuevo en primera sin necesidad de jugar el último partido. En el partido final disputado en el Estadio Jaime Morón, venció a Real Cartagena otra vez 3-0.188​ Cuatro partidos ganados, uno empatado y uno perdido, 10 goles a favor y 3 en contra fue el balance del cuadrangular final.189​190​

Gran final de la Primera B
Después del Ascenso el equipo debía jugar la Gran Final de la Primera B, esta vez ante Fortaleza, iniciando en Bogotá y terminando en Bucaramanga. En el Estadio Metropolitano de Techo el equipo logró ganar 2-0 con goles de Daniel Cataño y en el Estadio Alfonso López se consiguió el empate 0-0, para así Atlético Bucaramanga levantar su segundo título de segunda división en 20 años, ratificar su buen año en la temporada 2015 y regresar a la Categoría Primera A.191​

El regreso a la Categoría Primera A
Para el primer semestre de 2016192​ se mantuvo la base del equipo que logró el ascenso, tanto el cuerpo técnico, como casi todos los jugadores titulares. A pesar de un aceptable comienzo en el torneo, hubo gran dificultad para consolidarse y luego de una campaña de doce empates, dos partidos ganados y tres derrotas, (la primera contra Atlético Nacional en Medellín por 7-0 y las restantes de local, contra Once Caldas por 0-3 y el colero Envigado F. C. por 0-1), el director técnico José Manuel “Willy” Rodríguez fue destituido y reemplazado por Flabio Torres. Durante esta etapa el equipo no pudo ganar de local en el Estadio Alfonso López ni en el Álvaro Gómez Hurtado, que debió ser usado durante la mayor parte del semestre debido a los trabajos de remodelación requeridos en el primero para cambiar el césped sintético por grama natural. Las únicas victorias fueron en Ibagué contra Deportes Tolima 2-1 y en Barrancabermeja 6-3 contra Alianza Petrolera.193​

En el campeonato del segundo semestre del 2016 el equipo cumplió una de sus mejores campañas en Primera división, terminando la fase inicial séptimo de la tabla con 32 puntos conseguidos, lo que le permitía regresar a las finales del campeonato de primera A luego de 12 años de ausencia (última clasificación en el Clausura 2004). En cuartos de final se enfrentaría contra Deportivo Cali, consiguiendo una victoria por 2-1 en el Estadio Álvaro Gómez Hurtado de Floridablanca, y un empate a 1-1 en la ciudad de Cali, con gol de Mauro Gueygeozian al minuto 76, lo que metía al equipo en las semifinales del torneo, 194​ sin embargo quedaría eliminado a manos del Deportes Tolima195​ por penales y en esta temporada por poco clasifica a la Copa Sudamericana 2017 al quedar décimo en la Tabla de Reclasificación con los mismos 62 puntos y goles de diferencia (+2) que el equipo Rionegro Águilas. En ese equipo que estaba conformado en su mayoría por los jugadores que lograron el ascenso en 2015 se recuerda a los arqueros Jorge Bava y James Aguirre, los defensas Luis Payares, Jair Palacios, Christian Mafla, Diego Peralta, Félix García, los volantes Daniel Cataño, John Pérez, Carlos Giraldo y los delanteros Darío Rodríguez, Maicol Balanta y Mauro Guevgeozian.

En el inicio del torneo 2017, asumió la presidencia del club Hector Fernando García, quien acabó con el proceso despidiendo a la mayoría de los jugadores y al director técnico Flabio Torres, quien fue reemplazado por Harold Rivera, hecho que complicó la situación del equipo. Durante las primeras ocho fechas la campaña fue muy irregular perdiendo muchos partidos, uno incluso en el Estadio Alfonso López contra el recién ascendido Tigres de Bogotá, en ese momento colero del campeonato, lo que determinó la salida de Harold Rivera debiendo terminar el primer semestre de 2017 dirigido por Fernando “el pecoso” Castro. “El Pecoso” asume la dirección del equipo cuando este se encontraba en el puesto 14 con tan solo 8 puntos, 11 partidos después logra llegar a la última fecha con posibilidades de clasificar a la “fiesta de mitad de año”, para lo que debía ganar ante América de Cali y esperar la derrota de Jaguares de Córdoba ante Rionegro Águilas o un empate entre Santa Fe y Alianza Petrolera. Bucaramanga cumple con ganar 1-0 al América en el Estadio Álvaro Gómez Hurtado de Floridablanca, con gol de John Pérez de tiro libre, y sumado al empate de Santa Fe en Bogotá, el equipo daba la sorpresa clasificando milagrosamente a las finales, la cual sería la segunda clasificación desde su retorno a la primera división. 196​ En cuartos de final enfrentó a Millonarios quedando eliminado con un global de 4-2, diciéndole adiós a la lucha por el título.

El milagro de Manizales.
El segundo torneo de 2017 tiene un inicio desastroso con cuatro derrotas y un empate, penúltimos de la tabla y estando cerca de puestos de descenso. Se cree ocasionado por una mala relación de la plantilla con el cuerpo técnico, donde se rumoraba que los jugadores se “pararon” para sacar al técnico, lo que lleva al “Pecoso” Castro a presentar la renuncia luego de perder de local 0-1 contra el Huila. 197​ A su reemplazo llega Jaime de la Pava, con quien el equipo no sale de la crisis de resultados negativos y tuvo que luchar hasta la última fecha para no descender, necesitando una victoria contra América en la ciudad de Cali para asegurar su permanencia. Bucaramanga perdía el partido 1-0 contra América, por lo que para salvarse necesitaba que Jaguares (que ganaba 2-0 en casa contra Águilas) o Cortulúa (que empataba 1-1 de visita contra Once Caldas) perdieran. Ya con las ilusiones perdidas y casi asegurado un nuevo descenso, un tanto milagroso del defensa Miguel Nazarit de Once Caldas al minuto 93 le permite al Bucaramanga salvar la categoría. 198​

El Atlético se arma con santandereanos
En 2018 el equipo conformó una nómina en la que destacaban numerosos santandereanos. En el primer semestre Sherman Cárdenas y Michael Rangel se sumaron a James Aguirre, Sergio Romero, John Pérez y Jefferson Torres quienes habían hecho parte del equipo de 2017 y debutó el juvenil Johan Caballero quien fue titular en la mayor parte de los partidos del primer semestre bajo la dirección de Diego Cagna.199​ A pesar de ser un equipo ordenado y vistoso en su juego el Atlético quedó eliminado en el Primer Semestre de las finales y fue despedido el director técnico Cagna debiendo asumir Adolfo Holguin temporalmente.200​

En el segundo semestre201​ de 2018 llegó el arquero santandereano Luis Delgado y tras el despido del director técnico Carlos Mario Hoyos por malos resultados quedaron encargados durante el resto del semestre los santandereanos Oscar Serrano, director técnico y Roberth Villamizar, asistente asesorados por Flabio Torres logrando un rendimiento excepcional al ganar siete partidos en línea (Alianza Petrolera, Jaguares de Córdoba, Millonarios, Deportivo Pasto, Envigado FC, Atlético Huila, Boyacá Chicó ). En total de los juegos restantes tras la salida de Hoyos ganaron once, empataron uno y perdieron dos, lo que les permitió ascender desde el puesto dieciocho del campeonato hasta llegar a estar en los cuatro primeros lugares y clasificar a las finales.202​ En cuartos de final enfrentó al Deportivo Independiente Medellín203​ perdiendo la llave por 3-2 terminando quinto en el campeonato y perdiendo la opción de clasificar a Copa Libertadores y a Copa Sudamericana para el año 2019.204​ 205​

En el primer semestre de 2019 el equipo tuvo un mal comienzo. A pesar de contar con la misma base de 2018, excepto la salida de Brayan Rovira y Michael Rangel, el equipo había perdido cuatro partidos en las primeras cinco fechas por lo que fue despedido Flabio Torres y en su reemplazo se nombró a Carlos Giraldo, ex jugador y capitán del Bucaramanga.206​En el segundo semestre la campaña fue muy irregular debido a graves problemas en el funcionamiento defensivo y la ausencia delanteros con poder de gol. El equipo terminó eliminado de las finales con varias fechas de anticipación207​ y Sherman Cárdenas y Harold Gómez decidieron no continuar para la temporada 2020. Se destacaron el arquero Cristian Vargas, el central Steve Makuka y John Pérez.

Década 2020 – Presente
La pandemia de coronavirus
El equipo inició el torneo 2020 dirigido por José Manuel Rodríguez, pero por mal rendimiento este fue retirado del cargo en la fecha cinco. Le sucedió el uruguayo Guillermo Sanguinetti con quien hubo un importante repunte logrando siete puntos de nueve posibles, sin embargo, debido a la pandemia de coronavirus, altamente contagioso y mortal que a finales de 2019 apareció en la ciudad de Wuhan, China y que se diseminó por el mundo alterando todas las actividades económicas y sociales, la Dimayor decide suspender el campeonato de 2020 desde marzo hasta septiembre, pudiéndose luego reiniciar con un formato improvisado con ausencia de público en los estadios en el que el equipo no alcanzó a clasificar a las finales. 208​ Por primera vez se hizo una liguilla de eliminados para disputar un cupo a Copa Sudamericana pero el equipo cayó eliminado por penales frente al Deportivo Pereira. Varios jugadores del Atlético Bucaramanga fueron contagiados con coronavirus pero no hubo consecuencias para lamentar,209​ salvo el nefasto rendimiento deportivo. Al finalizar la temporada 2020 fueron despedidos la mayoría de jugadores contratados para ese año debido a su bajo rendimiento y fue ratificado el director técnico Guillermo Sanguinetti. John Pérez, uno de los goleadores históricos del club y Steve Makuka decidieron no renovar contrato con la institución. Fue tan malo en lo deportivo el año 2020, que el comentarista deportivo Andrés Marocco en su programa de ESPN resaltó como único hecho positivo para el club la desaparición de su rival histórico, el Cúcuta Deportivo. El chascarrillo fue tomado mal por los seguidores del equipo motilón.210​

2021 – 2022
El campeonato de 2021 inició sin público en los estadios por orden del gobierno nacional como una de las medidas de distanciamiento social para controlar la pandemia de coronavirus. En el primer partido el equipo logró un triunfo frente a Boyacá Chicó por 2-0, pero debido a resultados adversos frente a Santa Fe, Medellin y Jaguares de Córdoba y sendos empates sin goles frente a América y Equidad fue despedido el director técnico Guillermo Sanguinetti.211​ Como técnico interino se encargó a Sergio Novoa 212​ y finalmente en su reemplazo fue nombrado Luis Fernando Suárez.213​ Suárez debutó con una victoria frente a Atlético Nacional 3-2 en el Estadio Alfonso López.214​ El equipo mejoró su rendimiento pero no alcanzó a clasificar a las finales.215​216​

Al iniciar el segundo torneo de 2021, Luis Fernando Suárez renuncia de manera unilateral a su cargo debido a la propuesta que recibe de dirigir la selección de Costa Rica 217​. En su reemplazo se nombra a Óscar Upegui como técnico interino. 218​ Para este inicio de torneo, y con la vuelta de Sherman Cárdenas al equipo 219​, se logran buenos resultados llegando a ser segundos del campeonato en las primeras fechas, sin embargo luego de dejarse varios puntos en casa y perder contra Alianza Petrolera por 1-2 en el Estadio Alfonso López, 220​ Upegui es destituido de su cargo, aún siendo el equipo quinto en la clasificación con 13 puntos y estando vivo en la Copa, lo cual fue criticado fuertemente por la hinchada y la prensa. 221​ 222​ El nuevo técnico para el resto del segundo semestre de 2021 sería el argentino Néstor Craviotto,223​ quien no estuvo acompañado de buenos resultados, sin embargo el equipo tuvo posibilidades de clasificar a los ocho primeros hasta la última fecha donde debía vencer a Equidad en Bogotá, partido que perdió por 2-0, dejándolo décimo a dos puntos del último clasificado 224​. Pese a esto Craviotto fue ratificado para el torneo 2022.

En el primer semestre fue despedido por malos resultados y reemplazado por Armando Osma. Tras su llegada el equipo mejoró notablemente en su juego colectivo y luego de la llegada de Dayro Moreno, quien llegó procedente del fútbol boliviano empezó a ascender en la tabla de posiciones para terminar clasificando en el octavo lugar luego de una victoria en Pereira por 3-0. En el cuadrangular final debió enfrentar a Nacional, Junior y Millonarios terminando eliminado con seis puntos producto de sendas victorias ante Atlético Junior y Millonarios en el Estadio Alfonso López. Dayro Moreno terminó como goleador del campeonato apertura 2022 con trece goles. Aparte del goleador Dayro Moreno se destacaron en esa temporada el arquero Juan Camilo Chaverra, los defensas Cristhian Subero, Cristian Blanco, los volantes uruguayos Bruno Téliz, Michel Acosta, el capitán Sherman Cárdenas y el debutante santandereano Juan Gabriel Marcelín. Para el segundo semestre de 2022 se dio continuidad a la mayor parte de la nómina y se ratificó al profesor Armando Osma.

Copa Colombia
El 14 de febrero de 2008, los 36 clubes miembros de la Dimayor aprobaron la realización de una nueva edición de la Copa Colombia, que cuenta con los equipos de las categorías Primera A y Primera B del fútbol profesional colombiano. Si bien, anteriormente se había jugado en la década del cincuenta y en 1989, los datos estadísticos de los torneos anteriores están incluidos en los registros históricos anteriores como parte del campeonato colombiano de liga. Se estableció que el torneo iniciaría con un hexagonal regional integrado además por Real Santander, Alianza Petrolera, Cúcuta Deportivo, Patriotas Boyacá y Boyacá Chicó.

En 2008 en su primera participación en el evento, el equipo terminó eliminado en la fase de hexagonales, destacándose en ese año la goleada a Patriotas Boyacá por 7-0 y el primer Clásico Metropolitano contra Real Santander que ganó el Atlético por 2-0.

En 2009 avanzó a cuartos de final luego de ocupar el segundo lugar en el hexagonal regional y posteriormente eliminar a Millonarios al ganarle en el Alfonso López por 3-1225​ y en El Campin por 1-0.226​227​ En la llave siguiente quedó eliminado al enfrentar a Nacional con resultados 0-2 en Medellín y 1-0 en Bucaramanga.228​

En 2010 el equipo ocupó nuevamente el segundo lugar del hexagonal regional y volvió a enfrentar a Millonarios, perdiendo esta vez 1-2 en Bucaramanga229​ y aunque ganó en Bogotá por idéntico marcador, se perdió la posibilidad de avanzar a la siguiente ronda en la definición por penales.

En 2011 el equipo fue eliminado en la primera fase del evento.

En 2012 Atlético Bucaramanga clasificó a la segunda fase del evento al terminar tercero de su grupo y avanzó a cuartos de final tras eliminar a la Uniautónoma en la definición por penales, luego de haber empatado 2-2 en Bucaramanga y 1-1 en Barranquilla.230​ En cuartos de final enfrentó al América de Cali, al que eliminó por marcador global de 2-1, 1-0 en Bucaramanga y 1-1 en Cali, logrando por primera vez el paso a semifinales231​ quedando eliminado en esa llave al perder frente a Deportivo Pasto por marcador global de 1-3, 1-0 en Bucaramanga y 0-3 en Pasto232​

En 2013 el equipo nuevamente avanzó a octavos de final tras clasificar tercero en su grupo y en la siguiente fase enfrentó a Real Cartagena,233​ empatando 1-1 en la cancha de Comfenalco en Floridablanca234​ pero en el partido de vuelta perdió 2-0 en el Estadio Jaime Morón quedando eliminado, en 2014 quedó eliminado en la fase de grupos.

En 2015 clasificó a octavos de final en el nuevo formato de cuadrangulares regionales tras ganar el Grupo C en el que enfrentó a Cúcuta Deportivo, Real Santander y Alianza Petrolera pero fue eliminado por Once Caldas en octavos de final, a pesar de tener un gran equipo que consiguió el ascenso a la máxima categoría.

En 2016 y 2017 quedó eliminado en la primera fase de la competencia. En 2018 se jugó un nuevo formato. El Atlético Bucaramanga inició su participación en dieciseisavos de final frente a Atlético Huila logrando avanzar pero quedó eliminado en octavos de final frente a Jaguares de Córdoba.

En 2019 quedó primero de su grupo sobre Cúcuta Deportivo,Alianza Petrolera y Valledupar F.C y luego quedó eliminado en octavos de final por Atlético Junior.

En 2020 quedó eliminado en la primera fase.

Copa Libertadores
El Atlético Bucaramanga debutó en la Copa Libertadores 1998 compartiendo el Grupo 1 con el América de Cali y los equipos ecuatorianos Barcelona Sporting Club de Guayaquil y el Deportivo Quito de la capital del Ecuador.235​

En su primer partido el 26 de febrero de 1998 consigue un empate de visitante ante el América de Cali por 2-2, en un emotivo partido que inicio perdiendo 2-0 en los primeros 45 minutos. Para el segundo tiempo el equipo salió a buscar el empate decididamente logrando el descuento al minuto 21 por intermedio de Gustavo “misil” Restrepo y al minuto 43 el empate definitivo luego de que Manuel Galarcio concretara de chilena un ataque masivo del Atlético. El 4 de marzo, visitó al Deportivo Quito con derrota 1-0, luego de un brillante partido en el que se perdieron muchas opciones de gol. El equipo cerró su ciclo en Ecuador con su visita al Barcelona Sporting Club en un encuentro en el que el fútbol, las ganas, el espectáculo y la imagen la puso el Bucaramanga, pero el que ganó fue el Barcelona 2-0. Después enfrentó tres partidos en condición de local: primero recibió al América de Cali con el cual perdió 0-1 en un partido en el que hubo 19 opciones de gol a favor del “Leopardo”; ubicándose en ese momento en el último lugar del grupo. El 24 de marzo de 1998 se jugó en el Estadio Alfonso López por primera vez en la historia un partido internacional oficial, enfrentando al Deportivo Quito, al cual derrota 2-0;236​ esta vez en un deslucido partido en el que el dominador fue el equipo ecuatoriano. El 31 de marzo venció al Barcelona por 1-0 gracias a un gol de tiro libre de Nelson Gómez en un emotivo partido en el que se perdieron muchas opciones de gol y en el que el camerunés Oyé Flavié jugó su mejor partido con el Atlético;237​ consiguiendo así 7 puntos y avanzando a la segunda ronda.238​

En octavos de final se enfrentó al Bolívar de Bolivia equipo al cual recibió en su casa y con el que perdió 1-2.239​ En su visita a La Paz, el equipo que previamente había sido preparado para jugar en la altura por el médico del equipo, Dr. José María Alzate, realizó un excelente partido con gran despliegue físico durante los 90 minutos; sin embargo, nuevamente los problemas de definición dieron al traste con la ilusión pues al minuto 42 del segundo tiempo, el volante cucuteño Luis “liso” López falló una opción con el arco boliviano desguarnecido y un minuto después el Bolívar consiguió el 1-0 definitivo, terminando así su única participación en la Copa Libertadores hasta el momento.240​ El máximo anotador “leopardo” en Copa Libertadores de América hasta el momento ha sido Gustavo “misil” Restrepo con 3 anotaciones, le siguen Nelson Gómez, Manuel Galarcio y Lucio España con 1.