El Club Deportivo Popular Junior Fútbol Club S.A.,10​ conocido como Junior de Barranquilla o simplemente Junior, es un club de fútbol con sede en Barranquilla, Colombia. Fue fundado el 7 de agosto de 1924, siendo conocido como Atlético Junior, nombre que usó hasta el inicio del siglo xxi, convirtiéndose en el tercer club más antiguo del país.11​ A nivel deportivo es el quinto club más laureado del fútbol colombiano con trece títulos oficiales en el profesionalismo:12​ nueve títulos de Primera división, dos títulos de la Copa Colombia y dos títulos de Superliga de Colombia.13​

Internacionalmente, ha sido subcampeón de la Copa Sudamericana y semifinalista de Copa Libertadores de América.14​ Es el equipo más importante de la Región Caribe.15​ Además, ha sido el único en representar en calidad de selección nacional a Colombia en un Campeonato Sudamericano (actual Copa América), obteniendo la Copa Mariscal Sucre destinada a la mejor selección entre los equipos Bolivarianos.16​

El equipo oficia de local en el estadio Metropolitano Roberto Meléndez, que lleva el nombre del futbolista barranquillero, delantero histórico de Colombia en la época del deporte no profesional. Fue inaugurado el 11 de mayo de 1986 y se encuentra ubicado en la localidad metropolitana en el sur de la ciudad, en el límite entre Barranquilla y el municipio de Soledad. Su capacidad total es de aproximadamente 46.692 espectadores.

Su rival clásico es el Unión Magdalena de Santa Marta, con el que disputa el clásico costeño.

1924: Fundación
Era aficionada
El club se pensó en crear en 1923 para representar a los barrios San Roque y Rebolo. El movimiento comenzó cuando el Colegio Salesiano creó el equipo Juventus, ya que ellos eran de ascendencia italiana, pero luego el equipo se conocería como Juventud.18​

Juventud Junior en 1929.
Un grupo de aficionados al fútbol, así como los integrantes menores del Juventud crearon el 7 de agosto de 1924 en la calle 30 con carrera 29 de Barranquilla, liderados por Micaela Lavalle de Mejía, la creación del nuevo club que tuvo por nombre Juventud Infantil.19​ El equipo original estaba conformado por Víctor Bovea, Héctor Donado, Leovigildo Rolong, Juan Mejía, Manuel Vásquez, Víctor Núñez, Alberto de las Salas, Vicente Cervera, Rosendo Barrios, Armando Moya, Aurelio Roa, Valerio Molinares, Agustín Consuegra, Simeón Manjarrés, Enrique Lamadrid, Pedro Yépez, Néstor García, Francisco Ibáñez y Nicolás Pineda. El primer partido fue el 12 de octubre de 1924 en la plaza 7 de Abril contra el Argentina F.B.C., al cual venció 2-1.20​

En 1926 ingresa a la Liga de Fútbol del Atlántico, en la Tercera Categoría, ganando el ascenso a la Segunda Categoría en 1927.

En 1929, después de 2 años en la Segunda Categoría, asciende a la Primera Categoría cambiando su nombre por el de Juventud Junior, que resulta campeón en 1932.21​

Era profesional
1948: Subcampeón
En 1948, con el nombre de Atlético Junior participa en la primera temporada del fútbol profesional colombiano de la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor), quedando subcampeón con cuatro puntos por debajo del Santa Fe.22​ En ese entonces el equipo era conocido como los Miuras.23​

En 1949 es requerido por la Adefutbol para participar representando a Colombia en el Campeonato Sudamericano de Río de Janeiro, Brasil, siendo sancionado por la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) por dos años, rompiéndose las relaciones entre la Dimayor y la Adefútbol.

En 1950 contrató a Heleno de Freitas.

Desde 1948 hasta 1953 Junior es apodado “Los Miuras”, por su aguerrida manera de jugar. Miura es un encaste de toros de características singulares forjada durante varias generaciones de una familia ganadera, desde 1842 hasta la actualidad.

1953: Crisis deportiva y económica
En 1953 termina 10.º en el campeonato, con 15 puntos.24​ También afronta una grave crisis económica que lo obliga a retirarse de la Dimayor, pasando a participar durante 12 años del torneo aficionado de la liga departamental, desapareciendo del profesionalismo colombiano.

1966: Regreso al profesionalismo

Dida, campeón del mundo 1958 con Brasil.

Garrincha, campeón del mundo 1958 y 1962.
En 1966 Junior vuelve a la primera división después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina octavo del torneo con 53 puntos.25​

En 1967, Junior logra contratar a dos campeones del mundo más un tercer jugador de la selección brasileña: Garrincha, Dida y Quarentinha. Al final del torneo Junior termina quinto con 59 puntos.26​ Garrincha solo jugó un partido contra Santa Fe e igualmente al final de ese mismo año salen las estrellas brasileñas del equipo pero quedado en la memoria colectiva de la ciudadanía.

En 1968 vuelve el mítico arquero colombiano Efraín ‘El Caimán’ Sánchez. Desde ese año el torneo se dividió en Apertura y Finalización. En el Torneo Apertura Junior termina cuarto con 35 puntos. En el Torneo Finalización Junior termina tercero con 35 puntos. Junior, con estas dos campañas se clasifica a pelear por el tercer lugar anual contra Millonarios. Finalmente no lo logra después de empatar un partido y perder el otro.27​ A final del año, Efraín ‘El Caimán’ Sánchez vuelve a salir del equipo.

En 1969, Junior contrata al único jugador que ha logrado hacer un gol olímpico en un mundial de fútbol, Marco Coll (en el Mundial Chile 1962). En el Torneo Apertura termina quinto con 28 puntos. En el Torneo Finalización termina sexto con 29 puntos.28​

1970: Vuelve el protagonismo
En 1970 llega al equipo uno de los jugadores insignes de los primeros títulos, Jesús ‘El Toto’ Rubio. En el Torneo Apertura, Junior termina segundo; y en el Torneo Finalización termina noveno con 23 puntos. A pesar de un regular Torneo Finalización, Junior logró clasificar al cuadrangular final, donde enfrentó a Deportivo Cali, Santa Fe y Cúcuta Deportivo. Al final, Deportivo Cali ganó el campeonato. A pesar de haber perdido el campeonato, Junior clasificó a su primera Copa Libertadores.29​

1977: Primera estrella

Juan Ramón Verón, artífice del primer título Profesional en 1977.
Ligac.svgCampeonato Colombiano
1977 – 1º Título
En 1977 llegan al equipo el volante argentino Eduardo ’El Indio’ Solari y Alfredo ’El Maestrico’ Arango. Vuelve el defensa Jesús ’El Toto’ Rubio. Bajo la dirección del técnico argentino José ‘Puchero’ Varacka,30​ que se había juntado al equipo en 1975, se logró que en el Torneo Apertura, Junior terminara de primero con 35 puntos, dos más que su perseguidor Deportivo Cali. Así, Junior ganaba el Torneo Apertura y clasificaba automáticamente al Hexagonal Final. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando último con 18 puntos. Tras la salida del DT José Varacka, asumió las riendas del equipo en el tramo final de la temporada el argentino Juan Ramón ‘La Bruja’ Verón, que ofició en este caso de jugador y técnico a la vez.31​ En el hexagonal final, Junior terminó primero con 15 puntos, tres más que el subcampeón Deportivo Cali. Así, Junior obtuvo su primer título de la liga colombiana y su segunda participación en Copa Libertadores.32​ Al final de la temporada abandonaron al equipo los argentinos Eduardo ’El Indio’ Solari, Juan Ramón Verón y Juan Carlos Delménico.33​

1980: Segunda estrella
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1980 – 2º Título
En 1980 nuevamente bajo la dirección del técnico argentino José ‘Puchero’ Varacka,30​ vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delménico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali). Junior y Deportivo Cali clasificaron a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Finalización, Junior queda último del grupo A con 10 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, uno más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético Nacional, Deportivo Cali y América de Cali. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole dos de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Junior así conseguía su segunda estrella y su tercera clasificación a Copa Libertadores.34​

1993: Tercera estrella
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1993 – 3º Título
En 1993 vuelven Alexis Mendoza, Miguel ‘Niche’ Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Jorge Bolaño empezó su carrera de profesional y llega Carlos ‘El Pibe’ Valderrama (incluido en el top 50 de los mejores jugadores de fútbol de la historia según la FIFA).35​ En el Torneo Apertura, Junior queda líder del grupo B con 21 puntos (5 más que el segundo Atlético Nacional) clasificando a los cuadrangulares finales. En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 35 puntos (4 menos que el líder Independiente Medellín). De bonificación de los dos torneos, Junior recibió 1,50 puntos. En los cuadrangulares finales, Junior queda en el grupo A junto a Atlético Nacional, Millonarios y Once Caldas. Junior queda segundo con los mismos puntos que el líder Atlético Nacional (8,50 puntos). En el cuadrangular final,36​ Junior queda líder con 7 puntos (los mismos que Independiente Medellín). Miguel Ángel ‘El Niche’ Guerrero queda goleador con 34 goles.37​ Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano al vencer 3-2 en el partido final al América de Cali con gol sobre la hora de Oswaldo Mackenzie.38​39​

1994: Semifinalista de Copa Libertadores

Carlos ‘El Pibe’ Valderrama, dos veces campeón con Junior, semifinalista de Copa Libertadores y Rey de América.
En 1994 llegó el delantero chileno Cristian Montecinos. Junior participa en su quinta Copa Libertadores. Quedó ubicado en el grupo 1 junto a Independiente Medellín, Olimpia y Cerro Porteño de Paraguay. Termina tercero del grupo con 5 puntos. En los octavos de final se enfrenta con Colo-Colo de Santiago de Chile, terminando en un resultado global 3-3 después de que en el partido de vuelta, el Junior logró igualar en el segundo tiempo dos goles iniciales de los anfitriones. En los penaltis del 27 de abril de 1994 en el estadio Monumental, Junior ganó 4-3. En los cuartos de final, Junior se enfrentó a Independiente Medellín ganando 2-0. En las semifinales, enfrenta al club argentino Vélez Sarsfield. Cada equipo gana un partido 2-1 por lo que el resultado global terminó 3-3. Al final, en los penaltis del 17 de agosto de 1994 en Buenos Aires, Junior fue eliminado 5-4; quedando por primera vez como semifinalista de este torneo.40​41​

1995: Cuarta estrella
Ligac.svgCampeonato Colombiano
1995 – 4º Título
En 1995 quedó campeón del torneo colombiano con 62 puntos (2 más que el subcampeón América de Cali).42​ Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores. Iván René Valenciano es goleador con 24 goles.43​

2004: Quinta estrella
Ligac.svgTorneo Finalización
2004-II – 5º Título
En el Torneo Apertura 2004, Junior termina quinto con 30 puntos, clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En los cuadrangulares, Junior queda ubicado en el grupo A junto a Atlético Nacional, América de Cali y Deportivo Pasto. Junior termina último con 6 puntos. En el Torneo Finalización 2004, Junior clasifica a los cuadrangulares semifinales, octavo con 28 puntos. Queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Independiente Medellín y Atlético Bucaramanga, clasificando a la final con 13 puntos (5 más que el Deportivo Cali). En la Final, Junior enfrenta a Atlético Nacional. En el partido de Barranquilla, Junior venció 3-0. En el partido de Medellín, Atlético Nacional vence a Junior 5-2, quedando un resultado global de 5-5 y obligando a la serie de penales en donde Junior vence 5-4. Junior así obtenía su quinto título nacional y su novena clasificación a Copa Libertadores.44​45​

Conmemorando 10 años y en homenaje a Andrés Escobar se realizó un torneo amistoso Copa Cotton USA-2004 en Medellín, del cual Junior resultó campeón.46​

2006-2008: Crisis
Luego de la participación en Copa Libertadores, donde quedó eliminado en octavos de final por Boca Juniors de Argentina, y de casi ser finalista en el Torneo Finalización 2005,47​ para el Torneo Apertura 2006 vuelve al equipo el histórico Víctor Danilo Pacheco, quien se retiraría a final del año. En ese certamen, Junior termina 16°, haciendo una de sus peores campañas de la historia con 17 puntos, quedando eliminado del torneo. Para el Torneo Finalización vuelve el argentino Omar Sebastián Pérez (procedente de México) y el máximo goleador del equipo en su historia: Iván René Valenciano. Junior terminó 15 con 17 puntos, quedando eliminado del torneo.48​ A final de año salen Hayder Palacio e Iván René Valenciano.

Para el Torneo Apertura 2007 llegó al equipo el entonces desconocido Teófilo Gutiérrez; pero la gran contratación del equipo fue el argentino Gabriel Fernández. En este torneo, Junior termina 11 con 23 puntos, quedando eliminado del certamen. A mitad de año se van Gabriel Fernández y Omar Sebastián Pérez. Para el Torneo Finalización llega un histórico del club Luis Grau y también Carlos Valderrama como director deportivo del equipo, Junior termina 13 con 18 puntos, quedando eliminado del certamen.49​

Final del torneo apertura 2009.
A principios de 2008 Junior se vio amenazado por el descenso50​51​52​53​ por lo que contrató a Giovanni Hernández como principal atracción, y trajo de vuelta a Hayder Palacio (quien había jugado el último año en el Deportivo Cali) para el Torneo Apertura. En este torneo, Junior termina 12 con 24 puntos, quedando eliminado. En la Copa Colombia termina líder del grupo A con 20 puntos, uno más que el Unión Magdalena, clasificándose a la segunda fase. Martín Arzuaga volvió al equipo para el segundo semestre.54​

En 2008, en medio de la peor crisis en la historia del club. Giovanni Hernández, fue el eje de juego del equipo, así como un jugador clave en los títulos de 2010-I y de 2011-II.
En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 31 puntos (dos menos que el líder Deportes Tolima) clasificando a los cuadrangulares semifinales después de dos años y medio. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior quedó en el grupo B junto a América de Cali, Deportivo Pereira y Deportivo Cali, terminando tercero con 7 puntos y quedando eliminado del torneo.55​ En la Copa Colombia Junior quedaría eliminado en segunda fase a manos de Envigado F.C al perder 1-0 en Envigado y ganar 3-2 en Barranquilla, clasificando Envigado F.C por mayor cantidad de goles de visitante. A final de año Martín Arzuaga sale del equipo.

Para el Torneo Apertura 2009 llegan Ricardo Ciciliano y Adrián Berbia como principales contrataciones. En este torneo, Junior termina segundo con 31 puntos (uno menos que el líder Deportes Tolima), clasificando a los cuadrangulares semifinales donde queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Envigado F. C. y Cúcuta Deportivo, terminando líder con 9 puntos (los mismos que el Deportivo Cali que se vio perjudicado al quedar Junior en mejor posición en la fase Todos contra Todos) clasificando a la final. En la final, Junior enfrenta a Once Caldas. Junior pierde los dos partidos 2-1 en Manizales y 1-3 en Barranquilla. Así, Junior conseguiría su sexto subcampeonato.56​ Teófilo Gutiérrez es goleador del Torneo Apertura con 16 goles. Mientras, en Copa Colombia, Junior termina 2° del grupo A con 21 puntos (1 menos que el líder Atlético de la Sabana), clasificando a la segunda fase del torneo.57​

Para el Torneo Finalización, Junior contrató al experimentado volante Freddy ‘Totono’ Grisales. Junior termina sexto con 27 puntos (11 menos que el líder Independiente Medellín), clasificando a los cuadrangulares semifinales, donde después del sorteo queda ubicado en el grupo A junto a Independiente Medellín, Deportivo Pereira y Real Cartagena. Junior termina segundo con 9 puntos, 5 menos que el líder Independiente Medellín, quedando eliminado del torneo. Sin embargo, Junior consigue el tercer cupo colombiano a la Copa Libertadores al ser el equipo que más puntos logró en el año (76) superando por dos puntos al Deportes Tolima.

En la Copa Colombia, Junior enfrenta a Independiente Medellín, eliminándolo con un global de 3-2 (3-1 en Barranquilla y 1-0 en Medellín), clasificando a la tercera fase, donde enfrentaría al Deportes Quindío, empatando 0-0 en Armenia y 2-2 en Barranquilla. Desde los penales clasifica Junior a semifinales, donde enfrentaría a Deportivo Pasto, perdiendo ambos partidos 3-1 y 1-2 en Pasto y Barranquilla respectivamente, quedando eliminados. Carlos Bacca logra coronarse goleador de la Copa Colombia con 11 goles.

A pesar de haber logrado la clasificación a Copa Libertadores como equipo con más puntos cosechados durante 2009, el técnico Julio Comesaña es sustituido por Diego Edison Umaña. Al final del año sale del equipo Teófilo Gutiérrez (rumbo al Trabzonspor, club de fútbol turco, vendido como uno de los jugadores más caros en la historia del club) y se retira Dúmar Rueda, siendo estas las principales bajas del equipo para el siguiente torneo.

2010: Apertura, sexta estrella
Ligac.svgTorneo Apertura
2010-I – 6º Título
Para 2010 llegan al equipo Paulo César Arango, Martín Arzuaga y el defensa panameño Román Torres como principales contrataciones. En la Copa Libertadores queda eliminado al perder la serie con Racing de Uruguay 4-2.58​

En el Torneo Apertura termina tercero del todos contra todos con 32 puntos, dos menos que el líder Deportes Tolima luego de una sufrida clasificación en el que se le dieron los resultados que necesitaba y venció 2-0 a Envigado F. C.. En la semifinal venció a Independiente Medellín. En la final enfrentó a Equidad venciendo 3-2 en la que se definió por un gol de carambola de Carlos Bacca faltando cuatro minutos para el final del encuentro. Junior así ganaba su sexto campeonato colombiano y clasifica a la Copa Libertadores. Carlos Bacca es goleador con 12 goles, los mismos de Carlos Rentería de La Equidad.59​ Por la Copa Colombia, Junior logra terminar 2° del grupo A con 18 puntos, los mismos que el líder Real Cartagena, quien los superaba por diferencia de goles (5 contra 4), clasificando directamente a los octavos de final, a disputarse al siguiente semestre. Al final del campeonato salen el portero uruguayo Adrian Berbia, así como los delanteros Martín Arzuaga y Emerson Acuña.60​

2011: Finalización, séptima estrella
Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viáfara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otálvaro y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Páez. El equipo termina líder del grupo 2 con 13 puntos, 3 de ventaja sobre el escolta Gremio de Porto Alegre. En los octavos de final enfrenta a Jaguares de Chiapas, empatando 1 a 1 en Tuxtla Gutiérrez y 3 a 3 en Barranquilla, siendo eliminado por goles de visitante.61​

Ligac.svgTorneo Finalización
2011-II – 7º Título

Carlos Bacca quedó goleador por segundo año consecutivo en 2011-II.
Antonio Char es sucesor de Arturo Char como presidente del club y en camino al Torneo Finalización 2011 se presenta a Cristian Mejía como principal contratación, procedente del fútbol uruguayo. Tan solo tres meses después de asumir la dirección técnica y las tres primeras fechas del campeonato, con una derrota (0-3), un empate (0-0) y una victoria (4-0), Jorge Luis Pinto dejaría esta y acepta una oferta para dirigir a la Selección Costa Rica. Su reemplazo fue José Eugenio ‘Cheché’ Hernández recomendado por el mismo Jorge Luis Pinto. El equipo termina de 1° en el todos contra todos, por primera vez en los torneos cortos, con 1 punto de ventaja sobre el escolta Itagüí Ditaires.62​ Igual En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a Alejandro Gallejo, un juez de línea que ya había tenido un antecedente en un partido entre Deportivo Pasto y Real Cartagena en el Torneo Finalización 2009 que perjudico al equipo nariñense y que en esa temporada descendió a la Categoría Primera B. El equipo ajedrezado Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2-2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentará a Millonarios en una serie épica, en la cual Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, en un partido donde la afición se hizo sentir, definiendo la clasificación desde los penales. Junior se impuso 5-4. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizales definiendo el título con un 2-4 en los penales, logrando su séptimo título colombiano y la clasificación a la Copa Libertadores 2012. Igualmente, Carlos Bacca logró el Botín de Oro por 2° año consecutivo al anotar 12 goles (2 más que sus perseguidores Germán Cano del Pereira, Lionard Pajoy del Itagüí y su hermano John Pajoy del Once Caldas).63​

2015: Campeón de la Copa Colombia
CopaAguila.svgCopa Colombia
2015 – 1º Título
Junior tuvo una participación destacada en la Copa Colombia 201564​ quedando primero en su grupo con 9 puntos, por delante del Real Cartagena, Barranquilla FC, Uniautonoma FC. Junior clasifica a los octavos de final, enfrentándose con Atlético Nacional; perdió 1-0 en la ida con gol de Jonathan Copete, pero clasificó a los cuartos de final, ganando 2-0 en la vuelta gracias a la buena actuación de Jarlan Barrera y Roberto Ovelar. Por cuartos de final, se enfrentó al Deportes Tolima; logrando una victoria 2-1 como local en el estadio Metropolitano y consiguiendo en el estadio de Techo en Bogotá un sufrido empate 1-1, logrando clasificar a semifinales. En la instancia semifinal, se ve la cara con el Independiente Medellín, ganando 2-1 en el estadio Metropolitano; en el juego de vuelta en el estadio Atanasio Girardot, pierde 2-1, obligando a ir a la tanda de los penaltis luego de forzarlos con un gol de media distancia del mediocampista Jarlan Barrera; ese día, el equipo clasifica a la gran final ganando 1(4)-1(5).

En la gran final se enfrenta con el equipo capitalino, Santa Fe, logrando un resultado importante de 2-0 en el estadio Metropolitano con goles de Juan David Pérez y Jorge Aguirre, que lo llevaba cómodo pero no confiado a la vuelta en el Estadio el Campín. En el juego de vuelta, Independiente Santa Fe ganó 1-0, pero Junior se consagró campeón por haber ganado 2-1 en el global de la serie, logrando así, su primer título de Copa Colombia65​ (oficialmente y por motivos de patrocinio, Copa Águila 2015).66​

2017: Campeón de la Copa Colombia
CopaAguila.svgCopa Colombia
2017 – 2º Título

Sebastián Viera, Yimmi Chará y Teófilo Gutiérrez junto a la Reina del Carnaval de Barranquilla 2018.
Empezó su camino a la final en el Grupo A donde se enfrentaría a Real Cartagena, Barranquilla Fútbol Club y Jaguares de Córdoba, Jaguares siendo el único equipo de primera división de año transcurrido. Ganó 4 partidos, empató 1 contra Barranquilla y perdió 1 contra Real Cartagena en casa (siendo la única derrota de Junior en toda la copa), dejando un invicto completo como visitante. Junior postergó su clasificación a la siguiente fase hasta el 28 de junio, siendo el primer partido del segundo semestre debido a que el partido de la fecha 4 fue aplazado por temas de calendario contra jaguares, equipo que también se jugaba la clasificación de manera de local en el Estadio Armando Tuirán Paternina de Sahagún, con un único gol de James Sánchez a pase de Jarlan Barrera al inicio del segundo tiempo y quien después saldría James Sánchez para darle paso al debut de Marlon Piedrahíta.67​

Junior se enfrentó a Once Caldas en octavos de final donde ganaría ambos partidos, la ida de manera de visitante en Manizales con un solitario gol de Roberto Ovelar, y la vuelta en casa una goleada 3 a 0 donde repetiría gol de una manera casi calcada Roberto Ovelar, sellarían la victoria Jarlan Barrera quien fue la figura del partido y David Murillo. En cuartos de final de vería una vez más en otra serie de eliminación directa con Millonarios, una serie cerrada que se definiría en el último partido en Barranquilla con un gol de penal de Jarlan Barrera provocado por Luis Díaz, clasificando al equipo por cuarta vez consecutiva a una semifinal de copa, siendo esto un récord.

Con una seguidilla de partidos, entre Liga y Copa Sudamericana, Junior utilizaba una nómina mixta para visitar al Patriotas Boyacá, partido que terminaría empatado 1 a 1 con un gol de Sebastián Hernández luego del rebote de un penal desperdiciado por Jarlan Barrera, y otra vez provocado por Luis Díaz. En casa los jugadores Yimmi Chará y Teófilo Gutiérrez después de haber clasificado con la Selección Colombia a la Copa Mundial de Fútbol de 2018 un día antes en Perú, se unen a la concentración del equipo y actúan los 90 minutos del partido donde un único gol de Roberto Ovelar, después de una jugada fabricada entre los ya mencionados, Teo y Chará, dándole el pase a Junior a su tercera final consecutiva.

Junior se corona campeón por segunda vez en su historia de la Copa Colombia,68​ en la que venció al Independiente Medellín, empatando 1-1 en Medellín después de irse al descanso perdiendo con un gol de Jarlan Barrera y ganando 2-0 en Barranquilla con un gol otra vez de Jarlan Barrera a pase de Teófilo Gutiérrez, y sellaría el título con un gol de Teo después de un pase de Yimmi Chará al minuto 88.

2018: Finalización, octava estrella y subcampeonato de la Copa Sudamericana
Ligac.svgTorneo Finalización
2018-II – 8º Título
El 16 de diciembre Junior alcanzaría su octava estrella ante Independiente Medellín, luego de ganar por un amplio marcador de 4-1 en el juego de ida disputado en el Metropolitano Roberto Meléndez de Barranquilla. El partido de vuelta en el Atanasio Girardot quedaría 3-1 a favor del equipo paisa pero sería suficiente para ganar la serie.69​

En la Copa Sudamericana Junior haría un buen papel llegando, por primera vez en su historia, hasta la final del torneo ante el Atlético Paranaense de Brasil. Tanto el partido de ida como el de vuelta quedarían empatados 1-1 (global de 2-2), por lo cual la serie se tendría que definir desde el punto penal. Sin embargo, Junior caería 4-3 en los penales, dejando escapar la posibilidad de conseguir su primer título oficial a nivel continental.

2019: El primer título de Superliga
Sligaguila.svgSuperliga
2019 – 1º Título
Se enfrentaba con Deportes Tolima el 23 y 27 de enero por haber quedado campeón el segundo semestre del 2018. El partido de ida se jugó en el Metropolitano de Barranquilla, por motivos de la Tabla de reclasificación 2018, en los primero minutos Luis Díaz abrió el marcador para el equipo Currambero, pero después el equipo visitante remontó el marcador con un doblete de Marco Pérez para que en el partido de ida se fuera con ventaja a Ibagué el equipo Tolimense.

El 27 de enero en el partido de vuelta el cuadro Tiburón empató la serie en al ciudad de Ibagué con gol de Luis Carlos Ruíz a los últimos minutos del partido. El global del partido entre Tiburones y Tolimenses se puso 2-2 y el partido indicaban que se iban a penales, lo que sufrió mucho el cuadro Tiburón en el 2018. Sebastián Hernández, Víctor Cantillo y Rafael Pérez concretaron los penales penal para Tu Papá, mientras Sebastián Viera no dejó que Sergio Mosquera, Carlos Robles y Yeison Gordillo metieran el penal para el conjunto local. El cuadro visitante se coronó campeón por primera vez de este certamen, tras perderlo en 2012 contra Nacional, dándose a ser el Supercampeón de Colombia.

2019: Apertura, novena estrella (bicampeonato)
Ligac.svgTorneo Apertura
2019-I – 9º Título
Luego de la destitución del técnico colombiano Luis Fernando Suárez en mitad de semestre, vuelve a dirigir el cuadro tiburón el técnico uruguayo Julio Comesaña. El 8 de junio se mide ante el Deportivo Pasto en la final de la Liga Águila; se juega el partido de ida en la ciudad de Barranquilla con un resultado 1-0 en favor del Junior, el partido de vuelta se juega en la ciudad de Bogotá en el estadio El Campín debido a remodelaciones en el Estadio Departamental Libertad de Pasto y a la poca seguridad que brindaba el Estadio municipal de Ipiales, el marcador final fue 1-0 en favor del Deportivo Pasto forzando la definición desde el punto penal con un resultado final de 5-4 en favor del cuadro atlanticense, consiguiendo así su noveno título70​ de liga y su primer Bicampeonato.

En el torneo finalización 2019 Junior jugó su tercera final consecutiva, pero América de Cali frenó su racha ganadora de títulos, perdiendo la oportunidad de ser el segundo tricampeón de torneos cortos.

2020: El segundo título de Superliga
Sligaguila.svgSuperliga
2020 – 2º Título
Junior se enfrentaba al América de Cali los días 8 y 11 de septiembre como campeón vigente del Torneo Apertura. Debido a la Pandemia del COVID-19 ambos encuentros se jugarían a puerta cerrada, y serían los primeros partidos de ambos equipos en seis meses en el marco de la reanudación del fútbol colombiano. El encuentro de ida disputado en el Estadio Romelio Martínez (debido a que el Estadio Metropolitano se encontraba en medio de remodelaciones) lo empezó ganando Junior con un gol tempranero de penal de Miguel Borja. A pesar de adelantarse en el marcador, al minuto 23 el defensa Germán Mera fue expulsado y el equipo tiburón jugó con uno menos el resto del partido. En los últimos diez minutos del encuentro el América de Cali le supo dar vuelta al marcador por medio de un autogol de Gabriel Fuentes y un remate de Duván Vergara. Pese a perder el partido de ida de local, en el partido de vuelta Junior logró una importante victoria de visitante por 2-0 en el Pascual Guerrero con goles de Fredy Hinestroza y Carmelo Valencia, logrando así su segundo título de Superliga.71​

Símbolos
Escudo
El escudo del equipo es de forma suiza en proporción de 6 de ancho por 8 de alto, dividido en dos franjas horizontales. La franja inferior está dividida en 9 barras verticales de gules y plata de igual ancho, alternadas, comenzando y terminando con gules. En la parte superior figura otra franja horizontal en azul oscuro, en la que se ubican las estrellas de cinco puntas (en plata) que simbolizan cada uno de los campeonatos colombianos obtenidos. El escudo tiene debajo de la franja superior azul, superpuesta a las barras verticales gules y plata, una franja horizontal azul que dice JUNIOR.72​

Bandera

Bandera de Junior.
La bandera del Junior está compuesta por nueve franjas horizontales, cinco rojas y cuatro blancas alternadas, siendo la superior y la inferior rojas. Superpuesto sobre las franjas figura un triángulo equilátero azul, uno de cuyos lados forma el extremo de la bandera junto al asta. Este triángulo, por el lado vertical, abarca toda la anchura de la bandera. Sobre el triángulo van superpuestas las estrellas blancas de cinco puntas que simbolizan cada uno de los campeonatos colombianos obtenidos.73​

Mascota
La mascota de Junior es un tiburón llamado Willy, que viste el uniforme del equipo rojiblanco.