El Club Cienciano, más conocido simplemente como Cienciano, es un club de la ciudad del Cusco. Es el único club peruano campeón a nivel internacional por conseguir dos trofeos de conmebol la “Copa Sudamericana y Recopa respectivamente” .12 Fue fundado en la ciudad del Cusco el 8 de julio de 1901, es un club representativo de la ciudad imperial junto a su clásico rival El Deportivo Garcilaso, siendo así qué dividen la población cusqueña entre sus simpatizantes.345 Actualmente juega en la Liga 1, la Primera División del fútbol nacional.
Es el primer y único equipo peruano que ha ganado torneos internacionales oficiales de la FIFA y Conmebol,678 al obtener la Copa Sudamericana en el 2003910 y la Recopa Sudamericana en el 20041112 frente a River Plate y Boca Juniors, respectivamente. También cuenta con 3 torneos del campeonato local (Clausura 2001, Apertura 2005 y Clausura 2006), Campeón Nacional Liga 2 2019, 3 Copas Perú Región VII y 2 Copas Regionales Sur; y a nivel departamental, 3 Copas Municipales y 28 Copas de la Liga Departamental del Cusco.13
El club Cienciano es uno de los más antiguos del Perú juntamente con Alianza Lima con quién disputa el clásico del centenario a su vez también debido a la ausencia de su clásico rival El Deportivo Garcilaso en la liga profesional .14 vino enfrentándose al FBC Melgar naciendo así el llamado clásico del sur.15
Según la tabla histórica de la IFFHS, Cienciano fue el mejor equipo del Perú entre la última década del siglo xx y primera década del siglo xxi, ubicándose en el puesto 103, por delante del Sporting Cristal (138), Universitario (149) y Alianza Lima (193);16 y en diciembre de 2003 y septiembre de 2004 fue anunciado por la IFFHS como el mejor equipo del mes del mundo.
En la tabla histórica del fútbol peruano de la Primera División se ubica en el 6.° puesto debido a las buenas campañas que realizó en la Primera División,18 obteniendo 3 subcampeonatos en los años 2001, 2005, 2006. Así como el Torneo Clausura 2001, Torneo Apertura 2005 y Torneo Clausura 2006.19
El club tiene como mascota a un Burrito, con el cuál se identifican a lo largo de su historia.
Historia
Artículo principal: Historia del Club Cienciano del Cusco
Fundación
A finales del siglo xix, el misionero inglés William Newell llegó al Cusco instalándose en el Colegio Nacional de Ciencias y Artes e inculcando la práctica de un deporte que su país había inventado y que en el Perú daba sus primeros pasos. Poco después, el 8 de julio de 1901 fundó el club bajo el nombre de «San Bernardo Tescellino» en honor al patrón del colegio.2021 El 27 de julio de 1902, el equipo jugó su primer partido oficial, ante el Atletic Club de la misma ciudad.2223
El cambio de nombre
En 1973, cuando el equipo se alistaba para debutar en la profesional en condición de invitado, la directiva se percató que el equipo no existía en los Registros Públicos, por lo que debían inscribirlos previa conformación de los estatutos. No obstante, dichos papeles no existían y el tiempo apremiaba, es por ello que Félix Villegas Cajachagua, exdirector del colegio y presidente honorario del club, junto a Manuel Muñoz Ochoa y Rubén Carrillo, deciden “copiar” el estatuto del «Unión Cienciano», un club de fútbol fundado en la década del 50 y que contaba con un equipo de divisiones menores, este era manejado por un directivo del San Bernardo quien finalmente colaboró con la refundación. Cambiaron solamente el nombre original a Club Cienciano del Cusco para así formalizar la existencia del Cienciano ante los Registros Públicos y otorgarle su “partida de nacimiento”.24
Era Amateur (1901-1973)
Década de 1900: Debut y primer título en la Liga provincial de Cusco
El debut de Cienciano ocurrió aproximadamente un año después de su fundación, el 27 de julio de 1902 ante el Atletic Club. Disputándose en la Plazoleta de Santiago por Fiestas Patrias entre el Cienciano y el Atletic Club. Destacaron en dicha época, jugadores como Humberto de la Sota, delantero, Eduardo Cáceres como defensa y William Newell, profesor, fundador y director técnico; Luis Alberto Araníbar en el medio campo. Para ese entonces, Cienciano utilizaba como uniforme una chompa roja, ribete blanco, pantalón negro, gorra y zapatos ingleses.
Su primer título oficial en la Liga del Cusco lo logró en el año 1903 y fue el primero de 28 copas en su historia en la era amateur. Demostrando así una clara supremacía sobre sus similares.
Década de 1910
Los primeros partidos de la época se jugaban en el estadio Universitario, ubicado en pleno centro de la ciudad (avenida De la Cultura) y no fue hasta 1958 que se dejó de utilizar dicho escenario, año en que se inauguró el actual Estadio Garcilaso de la Vega. Por lo que en dicho recinto empezaron a figurar dos equipos, el Cienciano y el Universitario del Cusco, equipo derivado de la Universidad San Antonio Abad del Cusco. Elencos que llevaron a protagonizar el clásico local; cabe resaltar, que otro equipo destacado de la zona era el Pachacútec.
Cienciano logró siete títulos más a sus vitrinas durante dicha década, obteniendo así su pentacampeonato en la Liga Departamental del Cusco y el tricampeonato de copas Municipales en el Cusco. Tales títulos oficiales los logró en 1912, 1913, 1914 y 1915, mientras que las copas Municipales las consiguió en 1918, 1919 y 1920.
También destacó en el club el aviador cusqueño Alejandro Velasco Astete, que a su vez fue el capitán del equipo y caracterizado por su juego aguerrido y la destreza que mostraba a la mitad de la cancha.25
Décadas de 1920 y 1930 y el nacimiento de la arenga “el papá”
Durante esta década consiguió 4 títulos más en la Liga del Cusco. Dando a entender el predominio en dicha Liga y consiguiendo así 12 títulos oficiales en sus vitrinas (9 en la Liga y 3 durante la Copa Municipal del Cusco). Cienciano logró ser campeón de la Liga Departamental cuatro veces más, durante los años 1924, 1927, 1928 y 1929, respectivamente. El uniforme del conjunto cusqueño ya empezaba a utilizar medias de color rojo, en reemplazo a las blancas que utilizaba anteriormente.
Durante los años 30, Cienciano no presentó el protagonismo al que tenía acostumbrado a la afición, dado que sólo pudo campeonar dos veces la Liga del Cusco y fue así su década más escasa en cuanto a trofeos y títulos. Durante dicha época, Cienciano logró 2 copas en la Liga, durante los años 1931 y 1936. Logrando así 14 títulos oficiales a sus vitrinas.
Esta época es recordada como aquella que dio origen a la famosa arenga que ya se hizo un espacio dentro del mundo del fútbol y la cual vio nacer al apodo más conocido y famoso del elenco rojo: “El papá”. Su historia se remonta a 1938 cuando Alfredo “Papay” Holguín, alumno muy entusiasta a la hora de arengar a sus compañeros, vio que justamente el equipo incaico iba perdiendo 2-0, ante el Universitario del Cusco y para dar ánimos al club, Holguín completo una frase que se venía cantando durante el partido: “Upa, upa, upapá.. el Cienciano es el Papá”. A partir de ese momento el grito quedó institucionalizado y se repetía incesantemente cada vez que Cienciano estaba dentro de una cancha de fútbol.26
Diseño del escudo
No fue hasta el año 1938 en que el diseñador y publicista Santiago Guillén Covarrubias recibió el encargo de crear un símbolo para el Colegio Nacional de Ciencias y Artes, entregando tres meses después la doble “C” sobre un fondo azul marino. Escudo que en la actualidad perdura en el equipo.27
Década de 1940 y primer partido con un equipo limeño
Colegio Nacional de Ciencias y Artes del Cusco.
Los jugadores más emblemáticos en dicha época fueron Luis “Chuto” Barra, Tomás Varela, Leoncio “Cholo” Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacón “Maquisapa” arquero, Juan “Chiflas” Aguilar y el “negro” Oswaldo Rubio. Cienciano logró nuevamente demostrar su dominio en la Liga Departamental del Cusco, consiguiendo así campeonar en 1944, 1945 y 1948. Obteniendo 14 títulos en la Liga y 3 Copas Municipales en sus vitrinas, un total de 17 títulos oficiales.
En 1947, Cienciano se enfrentó por primera vez con un equipo foráneo. Recibió la visita de Universitario de Deportes con su máxima estrella, Lolo Fernández.2829
Década de 1950 y origen del clásico cusqueño
El terremoto del año 1950 generó que parte del colegio Nacional de Ciencias y Artes se derrumbe, ocasionando que los estudiantes del colegio tengan que mudarse por dos años al colegio Inca Garcilaso de la Vega, de donde nace la rivalidad y a futuro el clásico cusqueño entre Cienciano y Deportivo Garcilaso.3031 Cienciano logró imponerse como era costumbre en la Liga Departamental del Cusco, campeonando en 1952, 1954, 1955, 1956 y 1959, y así logrando 22 títulos oficiales en la era amateur.
La década de los cincuenta dio origen a la dinastía de los 5 hermanos Castañeda Grau: José, Nilo, Walter, Miguel y Humberto. Quienes jugaron desde 1952 hasta 1973, de los cuales José jugó desde 1952 hasta 1968, Walter de 1960 a 1965, Nilo entre 1960 hasta 1972 (un año antes que Cienciano ascienda a la profesional); y Miguel y Humberto de 1965 hasta 1973.
De los cinco, uno se diferenció del resto, se trata de Nilo Castañeda Grau, uno de los más grandes ídolos del Cienciano en su era amateur y quien era conocido como un jugador rápido y hábil.32 Sus apodos eran “La Bailarina”, “La Tromba Roja”, “El Divino Calvo” o el “Ariete cusqueño”; era un goleador y jugador habilidoso que se ganó una fama que traspasó fronteras, dejando de lado las ofertas, inclusive del mismo Cienciano para jugar en la profesional por seguir sus estudios de abogado, por lo que vistió la camiseta roja hasta 1972.
En 1958 Cienciano jugó por última vez en el Estadio Universitario, mudándose así a un nuevo estadio. Al estadio Garcilaso de la Vega, lugar que en la actualidad es la sede para todos los eventos deportivos del elenco rojo y el cual ha marcado una pauta para una gran serie de encuentros importantes a lo largo de la larga historia del equipo incaico.
Décadas de 1960 y 70: partidos contra las selecciones de Paraguay y Argentina
Cienciano ya gozaba de grandes jugadores, como los hermanos Castañeda: José, Walter y Nilo que jugaron en dicha época, por lo que como era costumbre, mostraban su habilidad y dominio del elenco rojo en la Liga Departamental, obteniendo 6 títulos en 1961, 1962, 1964, 1965, 1966, 1967.
Así el elenco rojo ya iba marcando la pauta y se iba preparando para las ligas mayores, por lo que en dicha década resaltaron grandes jugadores como los hermanos Castañeda mencionados anteriormente, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, “Cheché” Vásquez, Olmer “cogollo” Zapata, “Wachi” Washinton Miranda, “Papu” Zúñiga, “Fato” Cornejo, “Chino” Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado (perteneciente a la antigua familia Vargas del barrio Santa Ana en Cusco), Juvenal Anaya. Cienciano obtuvo hasta dicha época 28 títulos oficiales en la era amateur.
En 1973, la Argentina tenía como entrenador a Enrique Omar Sívori y una de las prioridades era clasificarse a la Copa Mundial de Alemania 1974. Sívori sabía que no se toleraría otro fracaso como el acontecido 4 años antes, cuando los gauchos quedaron afuera del Mundial de México, eliminada por Perú. esta vez Perú no estaba en el grupo, pero sí Paraguay y Bolivia.
La AFA se entera que la selección de Paraguay había pactado partidos amistosos en la ciudad del Cusco (3.400 msnm) con el equipo de Cienciano del Cusco que tenía como entrenador al Argentino Jorge Vichera, por lo que contactan con este y los dirigentes de Cienciano y acuerdan un partido amistoso, para el cual envían un directivo de la AFA y Miguel Ignomiriello, para acordar los pormenores que se les proponía, como son lugar de hospedaje, entrenamientos, etc. Es así así que a los quince días llegan a la ciudad imperial un grupo de jugadores que años después llegaron a ser campeones del mundo en 1978, quedándose 21 días y esta selección lo conformaban Ubaldo Matildo Fillol, Mario Kempes, Daniel Valencia[cita requerida], Roberto Mouso[cita requerida], Troncoso, Rubén Glaria, Aldo Poy, Marcelo Trobbiani, Rubén Galván, Cortés, Oscar Fornari, Ricardo Bochini. Para los cusqueños y Ciencianos fue un privilegio, que el Cienciano trabajara en los entrenamientos con los gauchos, y se realizara un partido amistoso en el Estadio Garcilaso en el que vencieron los argentinos por 1-0 con gol de cabeza de Mario Kempes. En esa ocasión Cienciano lo conformaban Dante Fébres, Herbert Yépez, Edmundo Gamarra, Juan Tardío, Javier Buendía, Ovidio Larramendia, Arturo Olazabal, Oscar Alberto Zegarra Sáenz, Teodoro Alfaro, Lucho Cuba, Pablo Muchotrigo.
Días después arribó a Cusco la selección paraguaya, que también jugó un partido amistoso con el Cienciano que fue ganado por los cusqueños por 2-1, lo que le cayó muy mal a la selección guaraní. No obstante, el proceso de aclimatación de argentinos y paraguayos en Cusco sería altamente beneficioso para ellos en vista que ambos vencieron a Bolivia en La Paz (2-1 los paraguayos y 1-0 los argentinos).
La tragedia de club
Salvados de morir por asfixia en el viaje de 1977 cuando Cienciano viajaba a Moquegua para afrontar un partido por la Copa Perú como equipo recién descendido, cinco jugadores salvaron de morir milagrosamente, sucede que el cuadro rojo se trasladó en tres colectivos donde viajaban 19 jugadores, el DT y el masajista utilero médico Fernando Anto Agurto. Antes de la localidad de Combapata, camino a Sicuani uno de los vehículos sufrió la rotura del tubo de escape, como el trayecto era demasiado frío y por la hora todos dormían a excepción del chofer, el monóxido empezó a intoxicar al “Cheche Vásquez”, a Kuro Delgado, Carlos Ñaccha, al pollo Cervantes quienes gracias al kinesiólogo Anto, quien se percató que en plena ruta de la cantidad de humo que botaba el carro de adelante, decidió detener la marcha del mismo. Cuando se bajó vio que pocos reaccionaban y todos presentaban cuadros de intoxicación, llegaron a una posta médica y les dieron ayuda; se salvaron “de una buena”, relató el utilero del club en los últimos 34 años.
Torneos regionales
Los primeros partidos Cienciano los jugaba con Universitario (equipo de la Universidad San Antonio Abad del Cusco), Pachacutec y el Atlético Cusco, los que formaban la división de honor del Cusco. En una categoría inferior estaban el Esparta, Aurora, Volante, Huascar y otros; los partidos se disputaban en el estadio Universitario de la Av. de la Cultura y donde cada domingo era un verdadero día de fiesta para las familias cusqueñas, que con sus comidas y bebidas iban al campo de fútbol para ver los partidos de “primera” y “segunda” cómodamente sentados en las tribunas de tierra, pasto y debajo de los eucaliptos que hasta hoy rodean ese campo deportivo. Un caso anecdótico se dio el 21 de mayo de 1950 cuando muchas familias que acudieron a presenciar un partido de fútbol salvándose de morir al gran terremoto que azotó la ciudad. Ese escenario se utilizó hasta 1958, cuando se terminó la construcción del actual Garcilaso de la Vega.
Los jugadores más emblemáticos entre los 40 y 50 fueron Luis “Chuto” Barra, Tomás Varela, Leoncio “Cholo” Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacon “Maquisapa” arquero, Juan “Chiflas” Aguilar y el “negro” Oswaldo Rubio. En 1959 Cienciano juega contra el Santos de Brasil siendo derrotado sin embargo se cobraría la revancha en el 2003 eliminándolo de la sudamericana para luego ser campeón.
En los 60 y 70 destacaron los hermanos Castañeda, Pepe, Nilo, Walter, Miguel y Humberto, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, “Cheché” Vásquez, Olmer “cogollo” Zapata, “Wachi” Washinton Miranda, “Papu” Zúñiga, “Fato” Cornejo, “Chino” Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado, Juvenal Anaya.
En los 80 Arturo Olazabal, Lucho Cuba, Joselo Valenza, Joselo Carrion, Huambo, Héctor Berrios, Buendía, López, Bustamante, Espinoza, Paredes, Sosa, Carrion, Guerrero, Teodoro Alfaro, Ovidio, Larramendi, Bringas, Riega.
Durante la década de los 60 a los 80 estos jugadores y otros hicieron grande el fútbol y a la institución y sobre todo al fútbol Cusqueño, estos jugadores formaron parte de uno de los mejores planteles de Cienciano.
Liga Peruana de Fútbol (1973)
El equipo de Cienciano fue manejado por los profesores del colegio alma mater de Cienciano hasta mediados de la década del sesenta, cuando tras crearse la Copa Perú ingreso el fútbol en una mayor competitividad. Y en 1973, cuando Cienciano deja atrás la Liga del Cusco y la Copa Perú para participar por primera vez en el Descentralizado, se comprende que las autoridades ya no deben depender del Colegio por la atención que requiere un equipo de fútbol competitivo, por eso Waldo Callo otro de los precursores de Cienciano se aleja de la presidencia para dar paso a empresarios dispuestos a invertir y apoyar al equipo.
En 1973 inició sus participaciones en la Liga Peruana de Fútbol, En ese mismo año jugó partidos de preparación contra selecciones que buscaban aclimatarse en el Cusco para jugar un partido contra la selección de fútbol de Bolivia estas selecciones eran la selección de fútbol de Argentina y la selección de fútbol de Paraguay los resultados del Cienciano no fueron malos pues ganaron a la selección de fútbol de Paraguay por 2 a 1 y perdieron con la selección de fútbol de Argentina por 1 a 0 con gol de Mario Alberto Kempes esto sirvió a ambas selecciones porque terminaron ganando las 2 selecciones a la boliviana. En esos años empezó las rivalidades con equipos como el Melgar se enfrentó también con el Universitario, Alianza lima Sporting Cristal con los que tendría grandes rivalidades hasta ahora y otros equipos como Deportivo Municipal, Atlético Chalaco y el Sport Boys. Sin embargo en 1977 tras perder la categoría en Chincha, frente a Municipal nadie quiso asumir al Cienciano, entonces los profesores del Colegio vuelven a asumir el reto y nombran nuevamente a Waldo Callo como presidente e inician el reto de devolverlo a la profesional.
Se mantuvo en primera hasta que descendió 1977.20 Regresó a la división de honor en 1984 al ser invitado por la Federación Peruana de Fútbol para participar en el Torneo Regional Sur de ese año. Desde entonces siempre fue un equipo animador del campeonato, estableciéndose como el mejor equipo del interior del país en varios campeonatos, y como un grande más del fútbol peruano salvo en 1994 y 2010, cuando estuvo a punto de perder la categoría.
Décadas de los 2000 y los 2010
El centenario (2001)
Cienciano Vs Alianza Lima.
Cienciano cumplía 100 años en el 2001, y el club imperial quería hacer historia, como primer paso la directiva presidente Juvenal Silva encargó un diseño especial de la camiseta del centenario, con íconos de la cultura inca y el número 100 resaltado. Para el Clausura el entrenador Carlos Daniel Jurado formó su equipo con los porteros Mauriño Mendoza, Riofrío, Roberto Martínez, Cristian García, Carlos Maldonado, Frank Palomino, Gilberto Flores, Molina, Candía, Cumapa, Villanueva, Ortega, Gabriel Rodríguez, Carrasco, Prado, Martínez, Ramón Rodríguez, Roggeiro.
La escuadra sin embargo mostró el poderío requerido para pelear el título soñado y compartió el tercer lugar de la tabla con Melgar de Arequipa, aunque es justo reconocerlo el equipo rojo alcanzó algunos buenos resultados como el 6-0 al Sport Boys,33 y otros triunfos contundentes 4-1 al Estudiantes de Medicina, aunque fuera de casa perdía poderío. Juvenal Silva y su directiva evaluaba la campaña de Carlos Daniel Jurado, revisaron cuales eran los puntos que debía reforzar para ser verdaderos protagonistas y no conformarse con aquello de ser el mejor provinciano. Por eso debían de reforzar el equipo, fue cuando llegó Frank Palomino ídolo del Cusco que tras su experiencia en el fútbol asiático volvió a ponerse la camiseta del equipo de sus amores y también volvió el mexicano Óscar Olvera, el uruguayo Ernesto Zapata, dejando el plantel Villanueva y Martínez Troncoso.
En el mes de diciembre del 2001, en el estadio de la UNSA (Arequipa) el réferi Ángel Ziani árbitro FIFA. daba por concluido el partido con el triunfo de Cienciano, contra otro equipo provinciano Estudiantes de Medicina de Ica dirigido por Franco Navarro, el pueblo Cusqueño, la hinchada del cuadro rojo desbordó por las principales avenidas y plazas de la ciudad inca en caravanas de color rojo saboreando el título obtenido por Cienciano en su centenario.
El equipo imperial estaba formado por jugadores que ya se conocían desde varios años atrás, formaban en el Estadio Garcilaso una férrea defensa difícil de romper, con Mauriño Mendoza en el arco, Martín García, Chango Maldonado, Gilberto Flores, en el medio campo formaban jugadores de gran poder, recuperación y ataque, Óscar Olvera (mexicano), Cumapa, Miguel Ortega, Jean Garrafa, la dupla uruguaya Martínez y Zapata, equipo dirigido por el llamado cariñosamente (el Viejo) Carlos Daniel Jurado.
Cienciano fue el justo ganador de ese vibrante compromiso ante un digno rival, tomo la iniciativa desde el pitazo inicial de juego, llegando con claridad sobre la portería de Juan «Chiquito» Flores el único gol lo convirtió el «Coló» Zapata a los 18 minutos del primer tiempo con un gol impecable de cabeza, las pocas ocasiones de gol generadas por Estudiantes de Medicina fueron ahogados por el portero cusqueño.
Cienciano luego de convertir el gol mostró una disciplina táctica impecable que le corto toda posibilidad de juego al cuadro rival, Estudiantes de Medicina presa del pánico y ansiedad por alcanzar la paridad intento llegar mediante disparos aéreos, sin éxito alguno.
En la víspera del partido definitorio la totalidad del plantel imperial en la iglesia de la Catedral del Cusco imploraron al todopoderoso y al Señor de Huanca vistiéndolo con la camiseta roja a fin de que los ilumine en su camino y obtener el ansiado título en su centenario y regalarle una alegría al pueblo cusqueño y a su a hinchada leal que nunca lo abandona.
Cienciano alcanzó la gloria, la felicidad para el pueblo cusqueño que tuvo que esperar largas décadas para saborear de nuevo un título tan ansiado. Un merecido título para una institución que planificó las cosas bien, bajo la batuta de Juvenal Silva, formando un equipo competitivo bien ensamblado en todas sus líneas, imbatibles en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega mostrando un fútbol homogéneo, práctico y contundente, dejando en camino a los mal llamados equipos grandes en ese entonces.
Plantilla equipo de Cienciano año 2001.
El 2001, año de su centenario, obtuvo su primer título profesional al ganar el Torneo Clausura de ese año en una definición frente al Estudiantes de Medicina con gol del uruguayo Ernesto Zapata. Posteriormente perdió el título nacional frente a Alianza Lima, campeón del Torneo Apertura y que también festejaba su centenario ese año. El marcador global al término del segundo partido fue de 3-3 (3-2 a favor de Alianza en Lima y 1-0 a favor de Cienciano en Cusco), por lo que fueron a definición por penales, la misma que le fue adversa al cuadro Cusqueño.
Pese a ello Cienciano fue el que más puntos hizo de local ganando absolutamente todos sus partidos de local sin empatar ni perder y teniendo como figuras a “El Loco Zapata”, Martín García, “El Chato Olvera”, Ramón Rodríguez entre otros.
Copa Libertadores 2002
En el 2002 Cienciano pasa la Copa Libertadores 2002 en un complicado grupo con Grêmio de Brasil, 12 de octubre de Paraguay, Oriente Petrolero de Bolivia consiguiendo así Cienciano ganar todos los partidos de local y pasando a la siguiente ronda de la Copa Libertadores y siendo eliminado por el América de México a pesar de esto fue una gran campaña, pero logra la clasificación para la Copa Sudamericana 2003.
Campeón de la Copa Sudamericana 2003
Artículo principal: Copa Sudamericana 2003
Soccer Field Transparant.svg
Bandera de PerúIbáñezBandera de PerúMoránBandera de ParaguayLugoBandera de PerúAcasieteBandera de PerúPortillaBandera de PerúLa RosaBandera de PerúBazalarBandera de PerúMaldonadoBandera de PerúGarcíaBandera de ColombiaSarazBandera de PerúCarty
Alineación titular que disputó el 19 de diciembre la Final de la Copa Sudamericana 2003.
Copa Sudamericana 2003
Freddy Ternero tras salir campeón con el cienciano de Perú en el año 2003.
En el año 2003 se convirtió en el primer club peruano, y único hasta el momento, en lograr títulos internacionales. Ese año, bajo la conducción técnica de Freddy Ternero, ganó la Copa Sudamericana jugando primero con Alianza Lima al cual se le ganó 1-0 de local y 1-0 de visita. Después se jugó con Universidad Católica de Chile al cual se le goleó 4 a 0 en Cusco y luego perdieron 3 a 1 en Santiago. Así, Cienciano pasaba a la siguiente fase. Le tocaría el Santos de Robinho. Cienciano lograría un empate 1-1 gracias a un autogol de Alex y ganando en Cusco 2-1 con goles de Germán Carty.34 Cienciano con esto ya hacia una hazaña y clasificaba a la semifinal para jugar con Atlético Nacional ganando ambos partidos, primero sorprendiendo en Medellín 2 a 1 con goles de Carty y Maldonado y en Cusco 1 a 0, Cienciano con esto clasificaba a la final de la Sudamericana.
El 10 de diciembre se jugaría la primera final contra un rival histórico como el River Plate de Argentina, se jugó el partido ida en Buenos Aires en el Estadio Monumental Antonio Vespucio Liberti, Cienciano demostró un gran nivel de juego logrando un empate por 3 a 3, con 2 goles de Portilla y uno de Carty ante 53.296 espectadores.
En el partido de vuelta el 19 de diciembre no se jugó en el Cusco por dos razones: 1.º porque el Estadio Inca Garcilaso de la Vega se estaba remodelando para ser sede de la Copa América 2004 y 2.º porque que no contaba con la capacidad para una final, se cambió de sede al Monumental de la UNSA de Arequipa. A pesar de quedarse con 9 jugadores Cienciano logró un agónico triunfo ante River Plate con gol de Carlos Lugo de tiro libre desatando la alegría peruana. Este gol fue marcado en el minuto 78 del partido logrando así su primer campeonato internacional. El goleador del certamen fue Germán Carty, delantero de Cienciano con 6 goles.35
Esto además le valió a Cienciano para ser declarado como el mejor equipo del mes del mundo en el mes de diciembre.
Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Carlos Maldonado, Carlos Lugo, César Ccahuantico, Abel Lobatón, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Paolo Maldonado, Ramón Rodríguez, Maurinho Mendoza, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Julio García, Miguel Llanos, Carlos Ibarra, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Roberto Holsen, Carlos García, Néstor Candia, Jean Garrafa.
Campeón de la Recopa Sudamericana 2004
Recopa Sudamericana 2004
La Recopa Sudamericana 2004 se jugó a un solo partido en el Lockhart Stadium de Miami, Estados Unidos, entre el club argentino Boca Juniors -que venía de ser campeón del mundo- y el Cienciano peruano. Tras el final del tiempo reglamentario, estando empatado el marcador, se recurrió a los penales, donde el equipo de Cusco logró imponerse. En este partido Carlos Tévez pondría el primero para Boca que era más en el primer tiempo para el segundo tiempo Cienciano se logra recuperar teniendo ocasiones de gol para empatar, pero no podía meter gol hasta que en la última jugada del partido Rodrigo Saraz lograría peinar el balón venciendo así a la valla de Roberto Abbondanzieri. El gol fue metido al minuto 89 del partido después se tuvo que ir a los penales donde Cienciano nuevamente hizo historia derrotando a Boca por 4 a 2 debido a que Óscar Ibáñez atajó los penales a Carlos Tévez y a Fabián Vargas, ganando así Cienciano otro campeonato internacional siendo la figura del partido el guardameta Óscar Ibáñez. Fue considerado el mejor equipo del mundo en noviembre del mismo año.
Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Manuel Arboleda, Edwar Torrealva, Orestes Santander, Miguel Mostto, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Daniel Gamarra, Sergio Ibarra, Jesús Cisneros, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Juan Péndola, Miguel Llanos, César Balbín, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Corsino Gómez, Carlos García, Néstor Candia, Paolo de La Haza.
Año 2004
En el año 2004 quedó en el segundo lugar en el Torneo Apertura, a solo cuatro puntos del campeón Alianza Lima; sin embargo, Cienciano fue el equipo que más puntos sumó en un año en la historia de la primera división del fútbol peruano. Cienciano sumó ese año en la tabla acumulada 101 puntos. Pese a ello, Cienciano no logra ganar el título nacional ese año ya que Sporting Cristal gana el Torneo Clausura y así juega la final nacional contra Alianza Lima.
En este mismo año, Cienciano disputó un partido amistoso con la selección de fútbol de Guatemala donde el Cienciano ganó cómodamente 3 a 0.En la Copa Sudamericana 2004 ocurre un hecho muy curioso, el 24 de agosto de 2004, cuando el árbitro Jorge Hoyos detuvo el cotejo entre Carabobo Fútbol Club y el Cienciano, ya que los uniformes de ambos equipos se asemejaban. Luego de varias discusiones, el club peruano alegó que no había llevado consigo otros atuendos y los granates, señalaron que no iban a cambiar de vestuario por ser locales. Al final, el partido se repuso y los venezolanos fueron derrotados en el Polideportivo Misael Delgado ganando Cienciano 2 a 1, en el partido local Cienciano logra una aplastante victoria a Carabobo Fútbol Club 6 a 1 demostrando así ser uno de los clubes más eficientes del mundo después se enfrentaría con Liga Deportiva Universitaria de Quito con el cual sería eliminado, pero después lograría la recopa sudamericana. Sería campeón de la copa interandina ganando al Once Caldas S.A. quien se había proclamado campeón de la Copa Libertadores 2004, esta copa se disputó entre el campeón de la recopa y el campeón de la Libertadores el partido terminó 2 a 0 con goles de Miguel Mostto y Juan Carlos Bazalar.
Año 2005
El 9 de febrero, en el partido ante las Chivas de Guadalajara por la Copa Libertadores 2005, se inauguró en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega el ala derecha del mismo. Cienciano perdió los dos partidos en la primera fase, el partido de local por goleada (1-5) lo que causó el despido del entrenador de ese entonces, el ecuatoriano Carlos Sevilla Dalgo; y la contratación del uruguayo Carlos Jurado quien repitió lo sucedido en el 2001 ganando absolutamente todos sus partidos de local; sin embargo, el torneo Clausura no fue tan bueno terminando quinto en el Clausura, pero aun así lograron clasificarse al play-off contra Sporting Cristal.
El 27 de julio del 2005 obtuvo el título del Torneo Apertura ganando en la penúltima fecha al Unión Huaral por el marcador de 1-0 con gol anotado por Miguel Mostto, con 51 puntos en el Apertura obtuvo su segundo título en la primera división del fútbol profesional peruano.
Ese mismo año Cienciano con sus figuras que se mantenían quienes habían sido campeones tanto como la Sudamericana 2003 y la Recopa Sudamericana 2004 como Óscar Ibáñez, Alessandro Morán, Carlos Lugo, Juan Carlos Bazalar, Julio García, Miguel Mostto, Sergio Ibarra, César Ccahuantico, Ramón Rodríguez, Giuliano Portilla entre otros. Cienciano no pudo ganar la final ante 35 000 espectadores, perdió con un gol hecho por Carlos Zegarra en el minuto 45 del primer tiempo.
Cabe destacar que los goleadores de ese campeonato fueron los 2 delanteros de Cienciano: Miguel Mostto (el máximo goleador con 18 goles) y Sergio Ibarra (17 goles); acumulando entre este dúo unos 35 goles.
Cienciano entre el 2006 y 2008
El miércoles 21 de diciembre de 2006, Cienciano se proclamó campeón del Torneo Clausura al derrotar 2-1 a Universitario en el Estadio Mansiche de Trujillo. Ello le dio el derecho a definir nuevamente un Título Nacional frente a Alianza Lima, campeón del Torneo Apertura. El partido de ida, jugado en el Garcilaso de la Vega, lo ganó Cienciano 1-0. Sin embargo, el partido de vuelta jugado en Matute lo perdió 3-1, quedándose con el subtítulo por diferencia de goles. Miguel Mostto fue nuevamente el goleador del Descentralizado 2006 con 22 goles.
En el año 2007 quedó en el 2.º lugar en el Torneo Apertura, obteniendo el mejor puntaje en el acumulado del año 2007 en la primera división del fútbol profesional peruano; en aquel año goleó 3-0 al Boca Juniors de Argentina en el Cusco por la Copa Libertadores que a la postre fue el campeón de la Copa Libertadores de América del 2007.
En el año 2008, el cuadro cusqueño finalizó en el cuarto lugar del Torneo Apertura y en el quinto lugar del Torneo Clausura, motivo por el cual no clasificó a la Copa Libertadores 2009 luego de tener cinco participaciones consecutivas en dicho torneo (desde 2004).
Crisis dirigencial y descenso
En el 2009 decayó su rendimiento, terminando a mitad de tabla del Descentralizado 2009 y sin posibilidad de participar en algún torneo internacional.
En el 2010 afrontó una grave crisis económica que casi lo lleva a perder la categoría, dado que a falta de pocas fechas para culminar el Campeonato Descentralizado 2010 se encontraba en zona de descenso. En la última fecha del campeonato, Cienciano se enfrentó a Alianza Atlético en Cusco, frente a más de 35 000 espectadores, partido que ganó por 2-1 y con el cual salvó la categoría.
El 2011 comenzó con una grata sorpresa para sus hinchas, siendo líder del torneo durante las primeras fechas a pesar de contar con un reducido presupuesto y con prácticamente los mismos jugadores del año anterior a excepción de la contratación de jóvenes valores caso de Juan Araujo y el ascenso al primer equipo de Diego Virrueta y Luis Romero. Sin embargo, en la segunda rueda del campeonato hubo una pelea interna entre el técnico Marcelo Trobbiani y Julio García, por lo que Trobbiani dejó el club y se nombró como nuevo entrenador a Carlos Daniel Jurado. En aquella segunda rueda, Cienciano solo obtuvo doce puntos, por lo que finalizó en el octavo lugar del campeonato, sin chance a poder estar en un torneo internacional en el 2012.
El 2015 el equipo cumplió una pésima campaña teniendo hasta tres entrenadores en los tres torneos, lo que causó que el cuadro imperial pierda la categoría sumido en una crisis económica. Sin embargo según un informe en la página http://www.cienciano.com/ a través de su cuenta de Facebook, el administrador Sergio Ludeña Visalot, informó que logró recuperar los 16 puntos que fueron retirados por la Comisión de Justicia de la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional; mediante la resolución N° 004-CJ-FPF-2016, de fecha 28 de enero del 2016, finalmente no procedió tal resolución y se reafirmó su descenso de la Primera División. El 2015 sería un pésimo año para Cienciano, ya que además de haber descendido a la Segunda División, su eterno rival (Melgar) se consagraría campeón nacional en el año de su centenario.
Vista del estadio Garcilaso en el partido frente a Santos F.C., donde Cienciano regresó a Primera División.
Estancia en la Segunda División
Luego de haber descendido, en la Segunda División 2016, Cienciano terminaría en el 3.er lugar, peleando hasta la última fecha por el ascenso a Primera División. El siguiente año quedó en 4.to lugar, aunque luego la ADFP-2D le descontó 4 puntos por atrasos que lo ubicó en 6.º lugar. Estuvo a punto de ascender en 2018, pero perdió el último partido y no logró el ascenso.
Ascenso a Primera División
En 2019, Cienciano del Cusco campeonó la Liga 2 logrando ascender a la Primera División tras vencer 4-2 a Santos, quedando primero con 44 puntos en el torneo.
